Descripción del proyecto
LA BIOINFORMATICA ES UNA DISCIPLINA CLAVE PARA COMPRENDER LOS GENOMAS DEL CANCER, LAS TECNOLOGIAS DE ALTO RENDIMIENTO, COMO LAS TECNICAS DE SECUENCIACION MASIVA DEL ADN SE EMPLEAN PARA DISECCIONAR LA HETEROGENEIDAD GENETICA DE LOS TUMORES, LOS PROYECTOS DEL GENOMA DEL CANCER (POR EJEMPLO, ICGC Y TCGA) HAN SURGIDO PARA CARACTERIZAR EXHAUSTIVAMENTE LAS ALTERACIONES MOLECULARES DE UNA SERIE DE TIPOS DE CANCER DEMOSTRANDO QUE LA DIVERSIDAD Y LA COMPLEJIDAD SON CARACTERISTICAS INTRINSECAS DE LOS GENOMAS DEL CANCER, EXISTEN MULTIPLES EVIDENCIAS QUE SUGIEREN QUE LA HETEROGENEIDAD INTRATUMORAL (ITH), ES DECIR, LA DIVERSIDAD CLONAL PRESENTE EN TUMORES QUE SURGE DURANTE LA EVOLUCION TUMORAL, ES UN FACTOR CLAVE IMPLICADO DIRECTAMENTE CON LA SUPERVIVENCIA DE LOS PACIENTES Y SU RESPUESTA A LOS TRATAMIENTOS, OTROS PROYECTOS DE GENOMICA DEL CANCER (POR EJEMPLO, TRACERX) TIENEN COMO OBJETIVO DILUCIDAR DE FORMA PROSPECTIVA LA ITH OFRECIENDO OPORTUNIDADES SIN PRECEDENTES PARA RELACIONARLA CON EL PRONOSTICO Y EVOLUCION DEL PACIENTE, REMARCANDO LA URGENTE NECESIDAD DE DESARROLLAR METODOLOGIAS PARA ABORDAR DIRECTAMENTE LA HETEROGENEIDAD INTRATUMORAL EN EL DISEÑO DE TRATAMIENTOS CONTRA EL CANCER, A PESAR DE ESTOS PROGRESOS, LA HETEROGENEIDAD INTRATUMORAL, LA EVOLUCION CLONAL DEL TUMOR Y LA APARICION O EXPANSION DE SUBCLONES RESISTENTES NO SE CONSIDERAN AUN EN EL TRATAMIENTO DEL CANCER, RECIENTEMENTE, ALGUNOS GRUPOS DE INVESTIGACION EN BIOINFORMATICA HAN PROPUESTO NUEVOS ENFOQUES PARA DISECCIONAR LA NATURALEZA HETEROGENEA DE UN TUMOR Y SU IMPACTO EN LA EVOLUCION DEL CANCER, AUNQUE HASTA LA FECHA NO EXISTEN ANALISIS SISTEMATICOS QUE CONSIDEREN LA HETEROGENEIDAD DEL CANCER Y SU EFECTO EN LA ELECCION DE TERAPIAS,ESTE PROYECTO DE INVESTIGACION PARTE DE LA PREMISA DE QUE LA ITH ES CLAVE EN EL TRATAMIENTO PERSONALIZADO DE PACIENTES CON CANCER, NUESTRA HIPOTESIS DE TRABAJO CONSIDERA QUE LA HETEROGENEIDAD TUMORAL PUEDE ABORDARSE TERAPEUTICAMENTE, Y MEDIANTE EL ANALISIS BIOINFORMATICO DE LA ITH SE PODRIA IDENTIFICAR TERAPIAS O COMBINACIONES CAPACES DE MINIMIZAR LA DIVERSIDAD CLONAL, CON ESTE FIN, EN ESTA PROPUESTA NOS CENTRAREMOS EN: (I) ESTABLECER UN PIPELINE COMPUTACIONAL PARA ANALIZAR LA ITH A PARTIR DE DATOS DE SECUENCIACION DEL EXOMA COMPLETO, (II) DESARROLLAR UNA METODOLOGIA COMPUTACIONAL BASADA QUE PERMITA PRIORIZAR LAS POBLACIONES CLONALES DEL TUMOR SEGUN SU FRECUENCIA, COMPOSICION, POSIBILIDAD DE SER INHIBIBLE POR FARMACOS, Y RESPUESTA TERAPEUTICA ESTIMADA, (III) UTILIZAR DATOS DE SECUENCIACION DE CELULAS INDIVIDUALES (SCS) PARA DISECCIONAR ITH Y PERMITIR LA INTERPRETACION TERAPEUTICA DE LA CLONALIDAD TUMORAL Y (IV) EXPLORAR OPCIONES TERAPEUTICAS QUE INTEGREN LA HETEROGENEIDAD TRANSCRIPCIONAL Y GENETICA, FINALMENTE, PARA VALIDAR NUESTRO ENFOQUE, LA METODOLOGIA SE APLICARA A LOS DATOS DISPONIBLES PUBLICAMENTE ASI COMO LOS GENERADOS EN NUESTRA INSTITUCION PARA EL ESTUDIO DE LA HETEROGENEIDAD DEL CANCER Y SUS IMPLICACIONES CLINICAS (PROYECTOS DEL GENOMA DEL CANCER TRACERX Y PCAWG),EN RESUMEN, ESTE PROYECTO TIENE COMO OBJETIVO ESTUDIAR LAS RELACIONES ENTRE ITH, LOS TRATAMIENTOS FARMACOLOGICOS ESPECIFICOS PARA CADA POBLACION CLONAL Y SU IMPACTO Y/O RESULTADO CLINICO (TRATAMIENTO Y SUPERVIVENCIA) USANDO UN NUEVO ENFOQUE COMPUTACIONAL PARA, FINALMENTE, PROPONER UNA ESTRATEGIA TERAPEUTICA INDIVIDUALIZADA PARA PACIENTES CON CANCER, BIOINFORMÁTICA\GENÓMICA DEL CÁNCER\FARMACOGENÓMICA\GENÓMICA FUNCIONAL