Innovating Works

BIO2010-15620

Financiado
VARIABILIDAD GENOMICA EN CUCURBITACEAS
EL MELON (CUCUMIS MELO) ES UN CULTIVO DE GRAN IMPORTANCIA ECONOMICA, FORMA PARTE DEL GRUPO DE LAS CUCURBITACEAS, CUYA IMPORTANCIA ECONOMICA MUNDIAL SOLO ES SUPERADA EN LA HORTICULTURA POR LAS SOLANACEAS, ESPAÑA ES EL CUARTO PRODUC... EL MELON (CUCUMIS MELO) ES UN CULTIVO DE GRAN IMPORTANCIA ECONOMICA, FORMA PARTE DEL GRUPO DE LAS CUCURBITACEAS, CUYA IMPORTANCIA ECONOMICA MUNDIAL SOLO ES SUPERADA EN LA HORTICULTURA POR LAS SOLANACEAS, ESPAÑA ES EL CUARTO PRODUCTOR Y PRIMER EXPORTADOR MUNDIAL DE ESTE CULTIVO, LAS CARACTERISTICAS GENETICAS DE ESTA PLANTA, COMO SU ALTO GRADO DE POLIMORFISMO, FACILITAN APROXIMACIONES GENOMICAS QUE PUEDEN CONDUCIR AL DESARROLLO DE HERRAMIENTAS PARA LA MEJORA DE LA ESPECIE,EL GRUPO QUE PRESENTA ESTA MEMORIA HA ESTADO IMPLICADO EN DIVERSOS PROYECTOS PARA EL DESARROLLO DE HERRAMIENTAS GENOMICAS EN MELON, EN PARTICULAR, SE HA DESARROLLADO UNA COLECCION DE EST QUE REPRESENTAN 17,000 UNIGENES, UN MAPA FISICO QUE RECUBRE EL 90% DEL GENOMA DEL MELON Y QUE PRESENTA 175 PUNTOS DE ANCLAJE CON UN MAPA GENETICO DE ALTA CALIDAD, SE HA ANALIZADO LA ESTRUCTURA GENICA Y GRADO DE SINTENIA CON OTRAS ESPECIES EN PEQUEÑAS REGIONES DEL GENOMA DE MELON, Y EN ESTOS MOMENTOS YA DISPONEMOS DE UN BORRADOR DE LA SECUENCIA GENOMICA QUE RECUBRE 18 VECES EL GENOMA DE MELON, OBTENIDO POR APLICACION DE LA TECNOLOGIA 454,BASANDOSE EN LOS RESULTADOS PREVIOS, PARTICULARMENTE LA SECUENCIA GENOMICA DISPONIBLE Y LA COLECCION DE ESTS, EL PRESENTE PROYECTO PRETENDE ABORDAR DOS TIPOS DE CUESTIONES: EL ESTUDIO DE LOS MECANISMOS DE CREACION DE VARIABILIDAD GENETICA EN LA ESPECIE Y EL ANALISIS DE COMO ESTA VARIABILIDAD ACTUA EN GENES QUE CODIFICAN PARA PROTEINAS ESTRUCTURALES DE LA PARED CELULAR, IMPLICADAS EN FENOMENOS QUE AFECTAN A LA CALIDAD DE FRUTO COMO LA MADURACION O LA RESPUESTA A HERIDA O PATOGENOS,LA APLICACION DE LAS NUEVAS TECNOLOGIAS DE SECUENCIACION MASIVA OFRECE NUEVAS POSIBILIDADES DE ANALISIS GENOMICO ESTRUCTURAL Y GENOMICA COMPARATIVA, ES POSIBLE EN ESTOS MOMENTOS RESECUENCIAR UN GENOMA DE MANERA RAPIDA Y ECONOMICAPARA OBTENER INFORMACION SOBRE LAS BASES MOLECULARES DE LA ESTRUCTURA Y LA DINAMICA DE LOS GENOMAS Y ENTENDER COMO ESTA DINAMICA AFECTA LOS CARACTERES QUE SON IMPORTANTES PARA LOS VEGETALES, ESTAS TECNOLOGIAS PERMITEN TAMBIEN LA SECUENCIA DE TRANSCRIPTOMAS COMPLETOS Y EL ANALISIS DE PERFILES DE EXPRESION A NIVEL GENOMICO,EN ESTE CONTEXTO, LOS OBJETIVOS DEL PROYECTO A REALIZAR SON:OBJETIVO GENERAL: ESTUDIAR LOS MECANISMOS DE VARIABILIDAD GENETICA QUE ACTUAN EN EL GENOMA DE MELON COMPARANDO LAS SECUENCIAS DE ZONAS ESCOGIDAS DEL GENOMA DE VARIEDADES DE MELON ALEJADAS ENTRE SI Y LA EXPRESION DE UN GRUPO DE GENES LIGADOS A CARACTERES DE INTERES EN PLANTAS,OBJETIVOS CONCRETOS:1, RESECUENCIACION DE DOS VARIEDADES DE MELON ALEJADAS EVOLUTIVAMENTE,2, COMPARACION DE LAS SECUENCIAS GENOMICAS DE LAS VARIEDADES SECUENCIADAS Y EL GENOMA DE REFERENCIA, PRESTANDO ESPECIAL ATENCION A LA REGION DISTAL DEL GRUPO DE LIGAMIENTO IX EN DONDE SE LOCALIZAN AGRUPAMIENTOS DE GENES DE RESISTENCIA, ESTABLECIMIENTO DE LOS MECANISMOS PRINCIPALES DE CREACION DE VARIABILIDAD A NIVEL MOLECULAR EN ESTA ZONA,3, ANALISIS DE LA PRESENCIA Y DIFERENCIAS EN SU LOCALIZACION DE LOS ELEMENTOS TRANSPONIBLES PRESENTES EN LAS REGIONES GENOMICAS ANALIZADAS,4, IDENTIFICACION DE LAS FAMILIAS DE GENES QUE CODIFICAN PARA PROTEINAS DE PARED CELULAR DE MELON RICAS EN PROLINA A PARTIR DE LOS DATOS DE TRANSCRIPTOMA DISPONIBLES, ANALISIS DE SUS NIVELES DE EXPRESION EN DISTINTOS TEJIDOS DE LA PLANTA (FRUTO EN MADURACION Y HOJA HERIDA) EN LA VARIEDAD CULTIVADA 'PIEL DE SAPO' Y LA VARIEDAD ANCESTRAL C-1012, COMPARACION DE LAS CORRESPONDIENTES SECUENCIAS GENOMICAS, ver más
01/01/2010
CENTRE RECERCA EN...
169K€
Perfil tecnológico estimado

Línea de financiación: concedida

El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2010-01-01
Presupuesto El presupuesto total del proyecto asciende a 169K€
Líder del proyecto
CENTRE RECERCA EN AGRIGENOMICA CSIC IRTA UAB... Otra investigación y desarrollo experimental en ciencias naturales y técnicas organismos publicos
Perfil tecnológico TRL 4-5 50K