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Uncultivated Microbes In Situ a Computational Biology Approach to Determine Molecular Capabilities and Ecological Roles Most of nature s biodiversity, and many potentially useful metabolic capabilities, remain hidden among the vast numbers of uncharacterized environmental microbes. Because cultivation is still not possible for most of these microbe... ver más

31/01/2016

UZH

1M€

Presupuesto del proyecto: 1M€

Líder del proyecto

University of Zurich No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

Financiación concedida El organismo FP7 notifico la concesión del proyecto el día 2016-01-31 No tenemos la información de la convocatoria

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University of Zurich No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Presupuesto del proyecto 1M€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto Most of nature s biodiversity, and many potentially useful metabolic capabilities, remain hidden among the vast numbers of uncharacterized environmental microbes. Because cultivation is still not possible for most of these microbes, cultivation-independent molecular techniques such as polymerase chain reaction (PCR), fluorescent in situ hybridization (FISH), or shotgun DNA sequencing have been used in order to study their function and ecology in their natural habitats. However, none of the above techniques have so far been sufficient for any systematic assignment of molecular functions to distinct microbial lineages. Thus, most of the molecular ecology of natural microbes remains elusive. Here, we propose a computational meta-analysis and synthesis of existing and newly generated molecular sequence data sampled directly from the environment combining DNA sequencing data (metagenomics), and proteome expression data (metaproteomics). This analysis will be coupled to computational modelling of genome content evolution at the community level. We will aim to assess how gene repertoires of microbial communities, and their taxonomic compositions, change across distinct environments, in response to changed conditions, and through time. We plan to address fundamental questions in microbial ecology, including the extent of cooperation among members of the communities, stability of community composition at evolutionary timescales, the importance of lateral gene transfers, the extent of functional adaptation/regulation in situ, and whether gene occurrence and expression patterns are diagnostic of community functions and ecological status.

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