Descripción del proyecto
ENTENDER LOS ASPECTOS DE LA FUNCIONALIDAD CELULAR QUE EXPLICAN LOS MECANISMOS DE LA ENFERMEDAD O DE ACCION DE UN FARMACO ES EL RETO PRINCIPAL DE LA MEDICINA DE PRECISION, NO SOLO POR LA OBVIA UTILIDAD DIAGNOSTICA QUE TENDRIA SINO POR EL POTENCIAL QUE TIENE PARA SUGERIR INTERVENCIONES TERAPEUTICAS RACIONALES Y PRECISAS, MIENTRAS QUE LA MAYOR PARTE DE LAS DECISIONES TERAPEUTICAS SE TOMAN EN BASE A UN BIOMARCADOR, CADA VEZ ESTA MAS CLARO QUE LAS ESTRATEGIAS DIAGNOSTICAS Y TERAPEUTICAS DEBEN DE EVOLUCIONAR HACIA UNA PERSPECTIVA DE BIOLOGIA DE SISTEMAS EN LA QUE MODELOS CUANTITATIVOS DE PROCESOS CELULARES QUE EXPLIQUEN MECANISMOS DE ENFERMEDAD Y DE ACCION DE MEDICAMENTOS PRODUZCAN PREDICCIONES PRECISAS DE DIANAS TERAPEUTICAS, PARA ALCANZAR EL OBJETIVO DE PRODUCIR MODELOS CUANTITATIVOS PRECISOS DE PROCESOS CELULARES CON UNA APLICACION TRASLACIONAL REAL ESTE PROYECTO PRETENDE EXPLOTAR LA ENORME CANTIDAD DE DATOS GENOMICOS DE DISTINTA NATURALEZA DE CANCER DISPONIBLES EN COMBINACION CON EL CONOCIMIENTO EXISTENTE SOBRE RUTAS CELULARES COMPLEJAS (SEÑALIZACION, METABOLISMO, REGULACION, ETC,) Y LOS RECIENTES AVANCES EN METODOLOGIAS MATEMATICAS, DE MACHINE LEARNING Y COMPUTACIONALES, ESTE ESTUDIO IMPLICA UNA FASE DE DESARROLLO DE MODELOS MAS EXACTOS DE PROCESOS CELULARES QUE INTEGREN DIFERENTES TIPOS DE ASPECTOS FUNCIONALES RELEVANTES Y, EN UN PROCESO ITERATIVO, VALIDAR LAS PREDICCIONES EN DATOS REALES Y MEJORAR LOS MODELOS EN FUNCION DE LOS RESULTADOS OBTENIDOS, UNO DE LOS ASPECTOS MAS INTERESANTES DE ESTE PROYECTO ES EL USO DE TECNOLOGIAS DE DEEP LEARNING PARA EXPANDIR EL AMBITO DEL CONOCIMIENTO DISPONIBLE SOBRE PROCESOS CELULARES A OTROS GENES SIN ANOTACION ADECUADA, PERMITIENDO LA OBTENCION DE MAPAS DE FUNCIONALIDAD CELULAR MAS DETALLADOS Y COMPLETOS, LAS DECENAS DE MILES DE DATOS DE CANCER DISPONIBLES EN REPOSITORIOS PUBLICOS JUNTO CON PARAMETROS CINICOS SON CRITICOS PARA OBTENER RESULTADOS ESTADISTICAMENTE SIGNIFICATIVOS EN ESTUDIOS COMPARATIVOS DE ACTIVIDAD DE PROCESOS CELULARES, IGUALMENTE, AL DISPONIBILIDAD DE ESTUDIOS DE LINEAS CELULARES A GRAN ESCALA SOBRE SU RESPUESTA A INHIBIDORES OFRECE UNA VISION COMPLEMENTARIA DE LAS CONSECUENCIAS FENOTIPICAS DE ESENCIALIDADES GENICAS ESPECIFICAS DE LINEA CELULAR, FINALMENTE, EMPIEZA A HABER DISPONIBILIDAD DE MUCHOS DATOS TRANSCRIPTOMICOS DE CELULA UNICA, LO QUE PERMITE UNA VISION MAS EXACTA DEL EFECTO DE PERTURBACIONES GENICAS EVITANDO EL PROBLEMA DE MULTI-CLONALIDAD OBSERVADO EN MUCHOS CANCERES, EL ESTUDIO PROPUESTO IMPLICA LA DERIVACION DE PERFILES DE ACTIVIDAD DE PROCESOS CELULARES A PARTIR DEL CORRESPONDIENTE PERFIL GENOMICO DEL PACIENTE (O LINEA CELULAR) USANDO LOS MODELOS, EL ANALISIS COMPARATIVO DE LAS ACTIVIDADES CELULARES MODELADAS PERMITIRA LA DETECCION DE PATRONES COMUNES DE FUNCIONALIDAD RELACIONADOS CON EL CANCER O LA RESPUESTA A FARMACOS, LA RELACION DEL GENOTIPO CON EL FENOTIPO SE FACILITA DENTRO DEL CONTEXTO DE LOS PATHWAYS MODELADOS Y OFRECE UNA EXCELENTE INFORMACION SOBRE LOS MECANISMOS DE ENFERMEDAD SUBYACENTES, UNA VEZ LOS MODELOS SEAN SUFICIENTEMENTE EXACTOS PUEDEN SER USADOS PARA EL DESCUBRIMIENTO DE NUEVAS DIANAS TERAPEUTICAS Y LA PROPUESTA DE TERAPIAS INDIVIDUALIZADAS, UN SUBCONJUNTO DE LAS PREDICCIONES SERA VALIDADA POR NUESTROS COLABORADORES,ESTAMOS CONVENCIDOS DE QUE NUESTRA APROXIMACION, SI RESULTA EXITOSA, PONDRA LAS BASES PARA ESTRATEGIAS RACIONALES DIRIGIDAS AL TRATAMIENTO PERSONALIZADO DEL CANCER, FAVORECIENDO LA MEDICINA DE PRECISION Y DE SISTEMAS, BIOINFORMATICA\MEDICINA DE SISTEMAS\RUTAS\REDES\MECANISMOS DE ENFERMEDAD Y ACCION DE FAR\BIOMARCADORES\TERAPIA