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T-GRAND-SLAM

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Translating the Global Refined Analysis of Newly transcribed RNA and Decay rates...

Translating the Global Refined Analysis of Newly transcribed RNA and Decay rates by SLAM seq I propose to introduce novel analysis tools via a platform for three recently developed RNA sequencing (RNA-seq) mI propose to introduce novel analysis tools via a platform for three recently developed RNA sequencing (RNA-seq) met... ver más

31/08/2020

UNI WUERZBURG

150K€

Presupuesto del proyecto: 150K€

Líder del proyecto

JULIUSMAXIMILIANSUNIVERSITAT WURZBURG No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 4-5

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

Ver 2 Participantes

Financiación concedida El organismo H2020 notifico la concesión del proyecto el día 2020-08-31

ERC-2018-PoC: ERC Proof of Concept Grant Scope:Objectives

I+D

Cerrada hace 7 años

0% 100% 100%

Características del participante

Este proyecto no cuenta con búsquedas de partenariado abiertas en este momento.

Información adicional privada

No hay información privada compartida para este proyecto. Habla con el coordinador.

2 Participantes

UNI WUERZBURG

149.56K€ | Lider

M TORRES DISEÑOS INDUSTRIALE...

526.30K€ | Participante

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Duración del proyecto: 18 meses Fecha Inicio: 2019-02-18
Fecha Fin: 2020-08-31

Líder del proyecto

JULIUSMAXIMILIANSUNIVERSITAT WURZBURG No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 4-5

Presupuesto del proyecto 150K€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto I propose to introduce novel analysis tools via a platform for three recently developed RNA sequencing (RNA-seq) mI propose to introduce novel analysis tools via a platform for three recently developed RNA sequencing (RNA-seq) methods (SLAM-seq, TimeLapse-seq and TUC-seq). All three methods enable the direct detection of new RNA transcribed by cells in a defined window of time within the pool of total cellular RNA. This is achieved by the introduction and subsequent detection of base-mismatches in newly transcribed RNA using RNA-seq. The ability to differentiate new from old RNA greatly increases the temporal resolution of RNA-seq experiments. In the frame of my ERC CoG grant HERPES, we developed a computational approach (an algorithm) termed GRAND-SLAM (Globally Refined Analysis of Newly transcribed RNA and Decay rates using SLAM-seq; patent application filed) to reliably define the relative contributions of new and old RNA. GRAND-SLAM not only directly computes the contribution of new and old RNA but also provides credible intervals that allow to judge the precision of the obtained ratios for each gene. GRAND-SLAM thereby provides novel means to identify perturbations in RNA synthesis and decay. Furthermore, GRAND-SLAM directly reduces experiment costs by eliminating the need for control samples to determine sequencing error rates. In conclusion, SLAM-seq will become the new standard for gene expression profiling worldwide and GRAND-SLAM the computational tool to analyze the respective data. Within this PoC-project, we will present the GRAND-SLAM analysis platform and prepare its introduction on the market with prospective customers in three areas: next-generation-sequencing companies, pharmaceutical industry, and research institutes. We will validate the analysis platform, improve its usability via direct testing with pilot customers, and develop our envisaged business strategy according to the feedback we will gain in the course of the project.

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