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MESH_CHIP

Financiado

Spatial transcriptomics chips with sequencing-based microscopy

We propose a technology platform for low cost, high resolution spatial transcriptomics surfaces. Spatial transcriptomics is a high cost research methodology for resolving the spatial variation of genes in a tissue by capturing mR... ver más

30/06/2025

KTH

150K€

Presupuesto del proyecto: 150K€

Líder del proyecto

KUNGLIGA TEKNISKA HOEGSKOLAN No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 4-5

Ver 1 Participantes

Financiación concedida El organismo HORIZON EUROPE notifico la concesión del proyecto el día 2023-08-31

Línea de financiación objetivo El proyecto se financió a través de la siguiente ayuda:

ERC-2023-POC: ERC PROOF OF CONCEPT GRANTS

I+D

Cerrada hace 1 año

0% 100%

1 Participantes

KTH

150.00K€ | Lider

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Duración del proyecto: 21 meses Fecha Inicio: 2023-08-31
Fecha Fin: 2025-06-30

Líder del proyecto

KUNGLIGA TEKNISKA HOEGSKOLAN

TRL 4-5

Presupuesto del proyecto 150K€

Descripción del proyecto We propose a technology platform for low cost, high resolution spatial transcriptomics surfaces. Spatial transcriptomics is a high cost research methodology for resolving the spatial variation of genes in a tissue by capturing mRNA transcripts on a surface containing molecular address markers. To produce these surfaces, current methods rely on either printing technology with explicit assignment of unique address ID's to spatial locations or else random scattering of molecular ID's that are then sequenced in situ using microscopy. Both of these fabrication methods are prohibitively expensive and time consuming, such that spatial transcriptomic technology is still limited to a narrow selection of low throughput research applications. Our proposed technology, the MESH CHIP represents a radically different approach to producing these surfaces. Rather than print surfaces or build sequence-address maps with in situ microscopy, our technology works by self-assembly and deduction from sequencing data alone. This means that no prior information about the identity or location of address markers on the surface is needed prior to mRNA capture and sequencing. Instead, this information is reconstructed computationally using graph theory in a post hoc fashion. By moving this information roadblock in the fabrication process to the increasingly cheap sequencing and computing stage, we greatly improve the cost performance of this technology. MESH CHIP technology would represent a qualitatively lower cost product with greater performance than the state of the art, unlocking new use cases like diagnostics and high throughput tissue processing.

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