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CTQ2012-36253-C03-03

Financiado

SIMULACIONES MOLECULARES DE CATALIZADORES BIOLOGICOS. NUEVAS METODOLOGIAS PARA E...

SIMULACIONES MOLECULARES DE CATALIZADORES BIOLOGICOS. NUEVAS METODOLOGIAS PARA EL CALCULO DE POTENCIALES DE FUERZA MEDIA Y APLICACIONES DE INTERES BIOMEDICO EL SUBPROYECTO SOLICITADO PRETENDE CONTINUAR LAS FRUCTIFERAS COLABORACIONES MANTENIDAS EN EL PASADO ENTRE NUESTRO GRUPO Y LOS GRUPOS DE QUIMICA TEORICA Y COMPUTACIONAL DE LA UNIVERSITAT JAUME I (UJI) Y QUE SE PLASMARON EN SUCESIV... ver más

01/01/2012

118K€

Presupuesto del proyecto: 118K€

Líder del proyecto

UNIVERSITAT DE VALÈNCIA (ESTUDI GENERAL) No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Sin perfil tecnológico

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2012-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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Líder del proyecto

UNIVERSITAT DE VALÈNCIA (ESTUDI GENERAL) No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Sin perfil tecnológico

Presupuesto del proyecto 118K€

Descripción del proyecto EL SUBPROYECTO SOLICITADO PRETENDE CONTINUAR LAS FRUCTIFERAS COLABORACIONES MANTENIDAS EN EL PASADO ENTRE NUESTRO GRUPO Y LOS GRUPOS DE QUIMICA TEORICA Y COMPUTACIONAL DE LA UNIVERSITAT JAUME I (UJI) Y QUE SE PLASMARON EN SUCESIVOS PROYECTOS COORDINADOS (2003, 2006 Y 2009). LA COMPLEMENTARIEDAD DE LOS EQUIPOS DEBE PERMITIR CONTINUAR CON EL DESARROLLO Y APLICACION DE LAS TECNICAS DE LA QUIMICA COMPUTACIONAL PARA SU APLICACION A PROBLEMAS DE INTERES DENTRO DEL CAMPO DE LA REACTIVIDAD EN SISTEMAS BIOLOGICOS. EL CONOCIMIENTO DE LA SUPERFICIE DE ENERGIA POTENCIAL, EXIGE UN TRATAMIENTO CUANTICO DEL SUBSISTEMA QUE REACCIONA. POR OTRA PARTE, EL EFECTO DE UN MEDIO COMPLEJO DEBE SER INCORPORADO DE UNA FORMA REALISTA. LOS METODOS QM/MM PERMITEN ALCANZAR AMBOS REQUISITOS Y ADEMAS SON APROPIADOS PARA REALIZAR SIMULACIONES ESTADISTICAS QUE INCORPORAN EL EFECTO DE LAS MULTIPLES CONFIGURACIONES ACCESIBLES AL SISTEMA. ESTA METODOLOGIA CONSTITUYE LA BASE DEL PROYECTO DE INVESTIGACION QUE SE ESTRUCTURA EN CINCO BLOQUES:A: DESARROLLOS METODOLOGICOS PARA EL ESTUDIO DE TRANSFORMACIONES QUIMICAS EN FASE CONDENSADA. B: BIOCATALISIS DE PROTEINAS:C: ACIDOS NUCLEICOS Y CATALISIS.D: DISEÑO DE INHIBIDORESE: CATALISIS EN ESTADO SOLIDO.LA HIPOTESIS FUNDAMENTAL DE NUESTRO PROYECTO ES QUE LA QUIMICA TEORICA, Y COMPUTACIONAL PERMITE ANALIZAR Y EXPLICAR LAS REACCIONES QUIMICAS EN FASES CONDENSADAS. LA HERRAMIENTA FUNDAMENTAL ES EL PERFIL DE ENERGIA LIBRE O POTENCIAL DE FUERZA MEDIA (PMF), QUE PERMITE EVALUAR LAS DIFERENCIAS DE ENERGIA LIBRE ENTRE REACTIVOS Y EL ESTADO DE TRANSICION Y POR LO TANTO LA VELOCIDAD DEL PROCESO, ASI COMO ENTRE EL ESTADO DE REACTIVOS Y PRODUCTOS Y POR TANTO EL EQUILIBRIO. EL SUBPROYECTO A LLEVAR A CABO POR EL GRUPO DE LA UNIVERSIDAD DE VALENCIA CONTEMPLA COMO OBJETIVO METODOLOGICO FUNDAMENTAL EL DESARROLLO DE NUEVAS ESTRATEGIAS PARA EL CALCULO DE PMFS QUE APORTEN LA MAYOR INFORMACION POSIBLE SOBRE LAS REACCIONES QUIMICAS ESTUDIADAS (BLOQUE A). LA INTRODUCCION DE COORDENADAS COLECTIVAS PERMITIRA ABORDAR DE UNA FORMA MAS SISTEMATICA EL ESTUDIO DE LA INFLUENCIA DE LOS GRADOS DE LIBERTAD DEL ENTORNO SOBRE EL AVANCE DE LA REACCION QUIMICA.ESTOS DESARROLLOS METODOLOGICOS SE APLICARIAN EN PRIMER LUGAR A SISTEMAS ENZIMATICOS TALES COMO LAS ENZIMAS COMT, FDH Y DHFR (BLOQUE B). SIN EMBARGO, EN EL CAMPO DE LAS APLICACIONES, LA NOVEDAD FUNDAMENTAL QUE APORTA NUESTRO SUBPROYECTO ES EL ESTUDIO DE PROCESOS DE CATALISIS BIOLOGICA QUE IMPLICAN ACIDOS NUCLEICOS (BLOQUE C). EN EL GRUPO DE LA UV NOS PROPONEMOS ABORDAR EL ESTUDIO DE LAS ADN METILTRANSFERASAS ASI COMO, EN COLABORACION CON EL GRUPO 1 DE LA UJI, REACCIONES CATALIZADAS POR ARN (SINTESIS DE PROTEINAS EN EL RIBOSOMA). AMBOS OBJETIVOS AÑADEN UNA NUEVA COMPLEJIDAD AL TRABAJO DE INVESTIGACION Y COMPARTEN UNA BASE METODOLOGICA YA QUE REQUERIRA MODIFICAR EL PROGRAMA QM/MM QUE EMPLEAMOS (FDYNAMO) PARA TRABAJAR CON CAMPOS DE FUERZA ADECUADOS PARA DESCRIBIR ACIDOS NUCLEICOS (CHARMM Y AMBER).EL ULTIMO OBJETIVO DE NUESTRO SUBPROYECTO IMPLICA EL APROVECHAMIENTO DEL CONOCIMIENTO ADQUIRIDO EN EL ESTUDIO DE REACCIONES ENZIMATICAS PARA EL DESARROLLO DE INHIBIDORES. EL ESTUDIO SOBRE LAS ADN METILTRANSFERASAS PRETENDE EXPLOTAR LAS DIFERENCIAS MECANISTICAS ENTRE LAS DIFERENTES FAMILIAS (N4, N6 Y C5). NUESTRA HIPOTESIS ES QUE LAS ENZIMAS MUESTRAN UNA MAXIMA AFINIDAD POR EL ESTADO DE TRANSICION DE LA REACCION QUE CATALIZAN Y QUE LAS DIFERENTES METILTRANSFERASAS EMPLEAN MECANISMOS DIFERENTES.

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