PREDICCION DE MODOS DE UNION Y DE AFINIDADES PROTEINA-LIGANDO A TRAVES DE SIMULA...
PREDICCION DE MODOS DE UNION Y DE AFINIDADES PROTEINA-LIGANDO A TRAVES DE SIMULACIONES H-REMD
LA DETERMINACION DE ESTRUCTURAS Y CONSTANTES DE ENLACE DE COMPLEJOS FORMADOS POR PROTEINAS Y LIGANDOS ES IMPORTANTE TANTO PARA DISEÑO DE FARMACOS COMO PARA ENTENDER EL MECANISMO DE LOS PROCESOS BIOQUIMICOS. NOSOTROS PROPONEMOS LA...
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Fecha límite participación
Sin fecha límite de participación.
Financiación
concedida
El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto
el día 2010-01-01
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Fecha límite de participación
Sin fecha límite de participación.
Descripción del proyecto
LA DETERMINACION DE ESTRUCTURAS Y CONSTANTES DE ENLACE DE COMPLEJOS FORMADOS POR PROTEINAS Y LIGANDOS ES IMPORTANTE TANTO PARA DISEÑO DE FARMACOS COMO PARA ENTENDER EL MECANISMO DE LOS PROCESOS BIOQUIMICOS. NOSOTROS PROPONEMOS LA APLICACION DEL METODO H-REMD (HAMILTONIAN REPLICA EXCHANGE MOLECULAR DYNAMICS) PARA LA PREDICCION DEL MODO DE ENLACE (O MODOS CON PROBABILIDADES ADECUADAS) DE LIGANDOS DENTRO DEL CENTRO ACTIVO DE LA PROTEINA. ADEMAS, SE PROPONE EL EMPLEO DE H-REMD EN DOS DIFERENTES IMPLEMENTACIONES CON LA TECNICA DE TI (THERMODYNAMIC INTEGRATION) PARA OBTENER DE MANERA PRECISA AFINIDADES RELATIVAS Y ABSOLUTAS PROTEINA-LIGANDO. CON OBJETO DE MEJORAR EL ESPACIO CONFORMACIONAL SE EMPLEARAN TANTO ESCALADO COMO POTENCIALES SOFT-CORE LIGANDO-PROTEINA LIGANDO-DISOLVENTE EN EL HAMILTONIANO DEL SISTEMA PARA EFECTUAR LOS REPLICADOS. ESTA NUEVA APROXIMACION SERA PROBADA PARA EL CALCULO DE ESTRUCTURA Y AFINIDAD DE ENLACE DE DOCE LIGANDOS, QUE MUESTREN CUATRO MODOS DIFERENTES DE ENLACE CON LA ENZIMA PTERIDINA REDUCTASA. LOS RESULTADOS OBTENIDOS DE DICHAS SIMULACIONES SERAN COMPARADOS CON LOS DATOS EXPERIMENTALES, EVALUANDOSE ASI LA EFICIENCIA DE ESTA NUEVA TECNICA CON RESPECTO A LOS METODOS DE SIMULACION EMPLEADOS EN LA ACTUALIDAD.