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CTQ2010-20297

Financiado

PREDICCION DE MODOS DE UNION Y DE AFINIDADES PROTEINA-LIGANDO A TRAVES DE SIMULA...

PREDICCION DE MODOS DE UNION Y DE AFINIDADES PROTEINA-LIGANDO A TRAVES DE SIMULACIONES H-REMD LA DETERMINACION DE ESTRUCTURAS Y CONSTANTES DE ENLACE DE COMPLEJOS FORMADOS POR PROTEINAS Y LIGANDOS ES IMPORTANTE TANTO PARA DISEÑO DE FARMACOS COMO PARA ENTENDER EL MECANISMO DE LOS PROCESOS BIOQUIMICOS. NOSOTROS PROPONEMOS LA... ver más

01/01/2010

UPV

46K€

Presupuesto del proyecto: 46K€

Líder del proyecto

UNIVERSIDAD DEL PAIS VASCO/EUSKAL HERRIKO UNI... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 45

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2010-01-01

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Participantes

UPV

Lider

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Líder del proyecto

UNIVERSIDAD DEL PAIS VASCO/EUSKAL HERRIKO UNI...

Total investigadores 45

Presupuesto del proyecto 46K€

Descripción del proyecto LA DETERMINACION DE ESTRUCTURAS Y CONSTANTES DE ENLACE DE COMPLEJOS FORMADOS POR PROTEINAS Y LIGANDOS ES IMPORTANTE TANTO PARA DISEÑO DE FARMACOS COMO PARA ENTENDER EL MECANISMO DE LOS PROCESOS BIOQUIMICOS. NOSOTROS PROPONEMOS LA APLICACION DEL METODO H-REMD (HAMILTONIAN REPLICA EXCHANGE MOLECULAR DYNAMICS) PARA LA PREDICCION DEL MODO DE ENLACE (O MODOS CON PROBABILIDADES ADECUADAS) DE LIGANDOS DENTRO DEL CENTRO ACTIVO DE LA PROTEINA. ADEMAS, SE PROPONE EL EMPLEO DE H-REMD EN DOS DIFERENTES IMPLEMENTACIONES CON LA TECNICA DE TI (THERMODYNAMIC INTEGRATION) PARA OBTENER DE MANERA PRECISA AFINIDADES RELATIVAS Y ABSOLUTAS PROTEINA-LIGANDO. CON OBJETO DE MEJORAR EL ESPACIO CONFORMACIONAL SE EMPLEARAN TANTO ESCALADO COMO POTENCIALES SOFT-CORE LIGANDO-PROTEINA LIGANDO-DISOLVENTE EN EL HAMILTONIANO DEL SISTEMA PARA EFECTUAR LOS REPLICADOS. ESTA NUEVA APROXIMACION SERA PROBADA PARA EL CALCULO DE ESTRUCTURA Y AFINIDAD DE ENLACE DE DOCE LIGANDOS, QUE MUESTREN CUATRO MODOS DIFERENTES DE ENLACE CON LA ENZIMA PTERIDINA REDUCTASA. LOS RESULTADOS OBTENIDOS DE DICHAS SIMULACIONES SERAN COMPARADOS CON LOS DATOS EXPERIMENTALES, EVALUANDOSE ASI LA EFICIENCIA DE ESTA NUEVA TECNICA CON RESPECTO A LOS METODOS DE SIMULACION EMPLEADOS EN LA ACTUALIDAD.

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