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BFU2012-40020

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PREDICCION COMPUTACIONAL DE LOS CAMBIOS DE ESTRUCTURA EN LA FUNCION Y EVOLUCION...

PREDICCION COMPUTACIONAL DE LOS CAMBIOS DE ESTRUCTURA EN LA FUNCION Y EVOLUCION DE LAS PROTEINAS CON RESPUESTA LINEAL TORSIONAL Y POTENCIALES ANARMONICOS EN LA ULTIMA CONVOCATORIA DE PROYECTOS MI CONTRATO RAMON Y CAJAL ESTABA A PUNTO DE TERMINAR, Y SOLO PUDE PEDIR UN PROYECTO DE UN AÑO (BFU2011-24595). ESTE PROYECTO ESTA EMPEZANDO AHORA, Y ESTA PRODUCIENDO RESULTADOS PROMETEDORES.... ver más

01/01/2012

Líder desconocido

144K€

Presupuesto del proyecto: 144K€

Líder del proyecto Líder desconocido

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2012-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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Líder del proyecto Líder desconocido

Presupuesto del proyecto 144K€

Descripción del proyecto EN LA ULTIMA CONVOCATORIA DE PROYECTOS MI CONTRATO RAMON Y CAJAL ESTABA A PUNTO DE TERMINAR, Y SOLO PUDE PEDIR UN PROYECTO DE UN AÑO (BFU2011-24595). ESTE PROYECTO ESTA EMPEZANDO AHORA, Y ESTA PRODUCIENDO RESULTADOS PROMETEDORES. ENTRE TANTO, HE CONSEGUIDO UNA PLAZA DE CIENTIFICO TITULAR DEL CSIC, A LA CUAL ME INCORPORARE EN UNOS MESES, ASI QUE AHORA PUEDO PEDIR UN PROYECTO DE DURACION NORMAL PARA COMPLETAR EL TRABAJO QUE ESTOY EMPEZANDO.LA FORMA TRADICIONAL DE SIMULAR LA DINAMICA DE LAS PROTEINAS CON DINAMICA MOLECULAR ESTA LIMITADA POR LA CORTA ESCALA DE TIEMPO DE ESTE METODO, QUE HACE MUY DIFICIL SIMULAR CAMBIOS DE CONFORMACION DE PROTEINAS GRANDES, Y POR LA PRECISION DE LAS FUNCIONES DE ENERGIA EXISTENTES. DEBIDO A ESTAS LIMITACIONES, METODOS ALTERNATIVOS ESTAN ATRAYENDO MUCHO INTERES. ESTAMOS DESARROLLANDO UN NUEVO METODO BASADO EN CALCULAR LA RESPUESTA ELASTICA DE LA PROTEINA EN EL ESPACIO DE LOS ANGULOS DE TORSION. ESTE METODO PRODUCE EN UN SOLO PASO GRANDES DEFORMACIONES (HASTA MAS DE 1A) A LO LARGO DE LAS DIRECCIONES TORSIONALES PERMITIDAS POR LA TOPOLOGIA DE LA PROTEINA, MANTENIENDO LA ESTRUCTURA COVALENTE Y LOS ENLACES DE HIDROGENO. PARA PREDECIR CAMBIOS DE CONFORMACION, ADOPTARE UNA FUNCION DE ENERGIA EMPIRICA QUE ESTAMOS DESARROLLANDO, QUE POSEE LA CARACTERISTICA PRINCIPAL DE LAS FUNCIONES DE ENERGIA BASADAS EN ESTRUCTURA, O SEA QUE LA ESTRUCTURA NATIVA ESTA CERCA DE UN MINIMO LOCAL DE LA ENERGIA, Y QUE ES BASTANTE REALISTA DE PERMITIR PREDICCIONES. ESTA FUNCION DE ENERGIA PERMITIRA INTEGRAR EL MODELO DE RED ELASTICA USADO PARA PREDECIR LA DINAMICA DE EQUILIBRIO CON LA FUNCION DE ENERGIA LIBRE DE CONTACTO USADA PARA PREDECIR LA ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS MEDIANTE ALINEAMIENTO SECUENCIA-ESTRUCTURA (THREADING) Y EVALUAR SU ESTABILIDAD TERMODINAMICA. EXPLORARE LAS OPORTUNIDADES ABIERTAS POR ESTE MODELO INTEGRADO. LOS MODOS NORMALES USADOS EN LA RESPUESTA LINEAL SE BASAN EN LA APROXIMACION ARMONICA, PERO LOS TERMINOS ANARMONICOS SON IMPORTANTES PARA LAS PROTEINAS, Y PUEDEN MODIFICAR LA FRECUENCIA DE LOS MODOS MAS COLECTIVOS Y DISTINGUIR ENTRE LA DIRECCION POSITIVA Y NEGATIVA DE CADA MODO. TRABAJAREMOS PARA INCORPORAR ESTA INFORMACION, QUE PUEDE RESULTAR MUY UTIL, EN LOS MODOS NORMALES.ADEMAS, LA RESPUESTA ELASTICA SUGIERE UNA FORMA NATURAL DE CALCULAR EL PERFIL ALOSTERICO DE LOS RESIDUOS DE UNA PROTEINA, RELACIONADO CON SU CAPACIDAD PARA ACTIVAR O SUFRIR UNA TRANSFORMACION DE ESTRUCTURA NO LOCAL, Y EL PERFIL DE CO-DIRECCIONALIDAD, RELACIONADO CON SU CAPACIDAD DE EFECTUAR MOVIMIENTOS COORDENADOS Y PARTICIPAR EN LA ACTIVIDAD DE LA PROTEINA. ESTOS PERFILES PUEDEN CONTRIBUIR A ESCLARECER LA FUNCION DE LA PROTEINA.DESARROLLAREMOS ESTOS METODOS, COMPARAREMOS SUS RESULTADOS CON DATOS EXPERIMENTALES, Y LOS APLICAREMOS A LA PREDICCION DE CAMBIOS DE CONFORMACION DE PROTEINAS: DEBIDOS A UNION DE LIGANDO (CON APLICACIONES AL DISEÑO DE FARMACOS A TRAVES DE DOCKING), FOSFORILACION, INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS (CON APLICACION A LA PREDICCION DE COMPLEJOS DE PROTEINAS), Y CAMBIOS EVOLUTIVOS (CON APLICACION A MODELADO POR HOMOLOGIA), PRESTANDO PARTICULAR ATENCION AL ESTUDIO DE LOS CAMBIOS DE FUNCION EN LA EVOLUCION DE PROTEINAS. TAMBIEN LOS APLICAREMOS PARA PREDECIR LAS BARRERAS DE ENERGIA DE LOS MOVIMIENTOS FUNCIONALES. UN CASO INTERESANTE, EN EL CUAL HEMOS EMPEZADO A COLABORAR CON EL GRUPO EXPERIMENTAL DE BEATRIZ LOPEZ-CORCUERA (CBMSO), SON LOS TRANSPORTADORES DE GLICINA DEL SISTEMA NERVIOSO CENTRAL.

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