Descripción del proyecto
HOY EN DIA, LOS AVANCES EN BIOLOGIA Y EN MEDICINA DEPENDEN DE LA COMPRENSION DE LAS ACCIONES E INTERACCIONES DE LOS GRANDES COMPLEJOS MOLECULARES, SIN EMBARGO, POR SU TAMAÑO Y COMPLEJIDAD, LA CARACTERIZACION DE ESTAS MACROMOLECULAS SOLO PUEDE SER ABORDADA CON LA APLICACION COORDINADA DE DISTINTAS TECNICAS BIOFISICAS COMPLEMENTARIAS, LOS METODOS HIBRIDOS PERMITEN COMBINAR COMPUTACIONALMENTE Y DE UNA FORMA AUTOMATICA Y REPRODUCIBLE ESTA INFORMACION ESTRUCTURAL HETEROGENEA, A PESAR DE LOS PROGRESOS REALIZADOS EN ESTE CAMPO, EL MAYOR RETO RESIDE EN REALIZAR UN MUESTREO CONFORMACIONAL EFICIENTE Y REALISTA A LAS ESCALAS DE TIEMPO ACCESIBLES PARA ESTOS GRANDES COMPLEJOS, EN ESTE PROYECTO SE SOLICITA AYUDA PARA EL DESARROLLO Y APLICACION DE NUEVOS METODOS COMPUTACIONALES PARA EXPLORAR CON EFICACIA LOS CAMBIOS CONFORMACIONALES DE GRANDES MAQUINAS MOLECULARES, NOS PROPONEMOS AMPLIAR Y MEJORAR NUESTROS DESARROLLOS PIONEROS SOBRE ANALISIS DE MODO NORMALES EN COORDENADAS INTERNAS Y SOBRE ALGEBRA GEOMETRICA PARA EXPLORAR SU DINAMICA COLECTIVA, ESTOS DESARROLLOS SE INCORPORARAN A NUESTROS METODOS DE MODELADO Y AJUSTE MACROMOLECULAR QUE PERMITEN COMBINAR ESTRUCTURAS A RESOLUCION ATOMICA CON OTRAS A MAS BAJA RESOLUCION PROVENIENTES DE MICROSCOPIA ELECTRONICA, EL OBJETIVO FINAL ES PROPORCIONAR UN ENTORNO COMPUTACIONAL UNIFICADO Y ALTAMENTE INTEGRADO PARA EL ANALISIS Y LA INCORPORACION DE LA INFORMACION ESTRUCTURAL PROVENIENTE DE UNA AMPLIA GAMA DE DIFERENTES FUENTES EXPERIMENTALES A DISTINTA RESOLUCION (CRIST, DE RAYOS X, EM, SAXS, FRET, ENTRECRUZAMIENTO, ETC), ESTE NUEVO ENTORNO PERMITIRA MODELAR Y/O REFINAR LA ESTRUCTURA DE LOS DIFERENTES ESTADOS FUNCIONALES DE ESTAS MAQUINAS MACROMOLECULARES, NUESTRO PLAN DE INVESTIGACION INCLUYE LA APLICACION DE LOS METODOS DESARROLLADOS EN SISTEMAS MACROMOLECULAS DE GRAN RELEVANCIA QUE PERTENECEN A COLABORADORES MUY CERCANOS, ESTOS SISTEMAS INCLUYEN EL RIBOSOMA, PROTEASOMA, MICROTUBULOS Y LOS FILAMENTOS DE FTSZ, POR UN LADO, EL TRABAJO CON ESTE TIPO DE SISTEMAS NOS DARA LA OPORTUNIDAD DE PROBAR LA BONDAD Y LAS LIMITACIONES DE LAS APROXIMACIONES PROPUESTAS, Y POR OTRO LADO, PROPORCIONARA UN MARCO REAL PARA PERFECCIONAR NUESTROS DESARROLLOS, CREEMOS FIRMEMENTE QUE LA APLICACION COMPLEMENTARIA E HIBRIDA DE DISTINTAS APROXIMACIONES BIOFISICAS Y COMPUTACIONALES ES DETERMINANTE PARA LA COMPRENSION DE LAS ACCIONES, INTERACCIONES Y ENSAMBLAJE DE LA MAQUINARIA MACROMOLECULAR QUE LLEVA A CABO LAS PRINCIPALES FUNCIONES CELULARES, BIOLOGÍA ESTRUCTURAL\ BIOINFORMÁTICA ESTRUCTURAL\ MAQUINAS MACROMOLECULARES\ MÉTODOS HÍBRIDOS\ MODELADO\ MUESTREO CONFORMACIONAL