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TIN2015-71079-P

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MODELOS MARKOVIANOS GRAFICOS DE ORDEN LIMITADO EN LA GENOMICA INTEGRATIVA

EL PERFILADO SIMULTANEO DE MOLECULAS DE DNA Y RNA CON TECNOLOGIAS DE ALTO RENDIMIENTO EN UN MISMO CONJUNTO DE MUESTRAS BIOLOGICAS PROPORCIONA UNO DE LOS TIPOS PRIMARIOS DE DATOS DE GENOMICA INTEGRATIVA, LOS CONJUNTOS DE DATOS RESU... ver más

01/01/2015

UPF

43K€

Presupuesto del proyecto: 43K€

Líder del proyecto

UNIVERSITAT POMPEU FABRA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 321

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2015-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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Líder del proyecto

UNIVERSITAT POMPEU FABRA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 321

Presupuesto del proyecto 43K€

Descripción del proyecto EL PERFILADO SIMULTANEO DE MOLECULAS DE DNA Y RNA CON TECNOLOGIAS DE ALTO RENDIMIENTO EN UN MISMO CONJUNTO DE MUESTRAS BIOLOGICAS PROPORCIONA UNO DE LOS TIPOS PRIMARIOS DE DATOS DE GENOMICA INTEGRATIVA, LOS CONJUNTOS DE DATOS RESULTANTES CONTIENEN OBSERVACIONES DE POLIMORFISMOS DEL DNA Y VALORES DE CONCENTRACION RELATIVA DEL RNA PRODUCIDOS, RESPECTIVAMENTE, POR LA VARIACION GENETICA Y LA REGULACION GENICA, LAS ASOCIACIONES ENTRE LOS POLIMORFISMOS DEL DNA, CONOCIDOS COMO VARIANTES GENETICAS, Y LAS CONCENTRACIONES DEL RNA, CONOCIDAS COMO PERFILES DE EXPRESION GENICA, Y ENTRE LOS MISMOS PERFILES DE EXPRESION, ENCIERRAN PISTAS SOBRE LA BIOLOGIA DE LOS INDIVIDUOS PERFILADOS, UNA APROXIMACION RAZONABLE PARA ESTIMAR ESTAS ASOCIACIONES AJUSTANDO POR EFECTOS INDIRECTOS CONSISTE EN UTILIZAR MODELOS MARKOVIANOS GRAFICOS (MMGS), TAMBIEN CONOCIDOS COMO MODELOS PROBABILISTICOS GRAFICOS (MPGS), SIN EMBARGO, LA ALTA DIMENSION DE LOS DATOS CON MAS VARIABLES ALEATORIAS (P) QUE OBSERVACIONES (N), I,E,, P >> N, IMPIDE LA APLICACION DIRECTA DE PROCEDIMIENTOS DE ESTADISTICA MULTIVARIANTE CLASICA, EN DOS PROYECTOS PREVIOS HEMOS DESARROLLADO UNA APROXIMACION A ESTE RETO BASADA EN MMGS DE ORDEN LIMITADO, ABORDANDO EN EL PRIMERO EL PROBLEMA SOBRE LAS ASOCIACIONES ENTRE PERFILES DE EXPRESION GENICA Y EN EL SEGUNDO SOBRE LAS ASOCIACIONES ENTRE VARIANTES GENETICAS Y EL VALOR MEDIO DE LA EXPRESION GENICA CON MMGS MIXTOS HOMOGENEOS, EN ESTE PROYECTO PROPONEMOS ABORDAR NUEVOS RETOS METODOLOGICOS EN EL ANALISIS DE DATOS DE GENOMICA INTEGRATIVA CON MMGS DE ORDEN LIMITADO, MOTIVADOS POR CUESTIONES BIOLOGICAS DE RELEVANCIA CLINICA, LOS OBJETIVOS DE ESTE PROYECTO SON:1, EXTENDER LA METODOLOGIA DE MMGS MIXTOS HOMOGENEOS DE ORDEN LIMITADO A MMGS MIXTOS HETEROGENEOS PARA (I) IDENTIFICAR ASOCIACIONES ENTRE VARIANTES GENETICAS Y GENES EN LAS CUALES EL EFECTO GENETICO NO AFECTA SOLAMENTE EL NIVEL MEDIO EXPRESION GENICA SINO TAMBIEN SU VARIANZA; Y (II) IDENTIFICAR EFECTOS ESTADISTICOS DE INTERACCION ENTRE VARIANTES GENETICAS Y LOS GENES, DESARROLLAR UNA ESTRATEGIA CONEXION DIFERENCIAL PARA IDENTIFICAR EVENTOS DE RECONEXION ESPECIFICOS DE CONDICION EN REDES DE REGULACION MOLECULAR, INVESTIGAR LA ESTABILIZACION DE LA COVARIANZA EN DATOS DEL PERFILADO DE LA EXPRESION GENICA CON INSTRUMENTOS DE SECUENCIACION DE ALTO RENDIMIENTO,2, APLICACION EN GENETICA DE ENFERMEDADES RARAS, INTEGRAR DATOS FUNCIONALES A NIVEL GENETICO CON INFORMACION A NIVEL DE RED DERIVADA A PARTIR DE GMMS DE ORDEN LIMITADO PARA IDENTIFICAR VARIANTES GENETICAS Y GENES MODULADORES DE LA PENETRANCIA REDUCIDA EN ENFERMEDADES RARAS HEREDITARIAS,3, APLICACION EN GENOMICA PRENATAL, UTILIZAR LA RECONEXION DIFERENCIAL EN DATOS DE EXPRESION GENICA PARA INVESTIGAR ALTERACIONES PATOLOGICAS EN LA RED DE REGULACION MOLECULAR DE LA RESPUESTA INFLAMATORIA FETAL (RIF) EN BEBES PREMATUROS EXTREMOS DE LA COHORTE ELGAN, PRIORIZAR CANDIDATOS A BIOMARCADORES DE RIF MEDIANTE LA ESTIMACION DE ASOCIACIONES ESPECIFICAS A LA CONDICION RIF,4, IMPLEMENTAR LOS AVANCES METODOLOGICOS EN LOS PAQUETES DE SOFTWARE LIBRE QPGRAPH Y VARIANTFILTERING SOBRE LA PLATAFORMA R/BIOCONDUCTOR,LOS RESULTADOS ESPERADOS DE ESTE PROYECTO SON TESIS DOCTORALES Y ARTICULOS EN REVISTAS CIENTIFICAS EN EL CAMPO ACADEMICO, SOFTWARE LIBRE Y LA SOLICITUD DE UNA PATENTE DE BIOMARCADOR DE RIF EN EL CAMPO TECNOLOGICO, Y DISEMINACION DE LOS RESULTADOS A TRAVES DE COMUNICACIONES A CONGRESOS Y MEDIOS DE COMUNICACION EN EL CAMPO DE LA SOCIEDAD, MODELOS MARKOVIANOS GRÁFICOS\MACHINE LEARNING\ESTADÍSTICA MULTIVARIANTE\GENÓMICA

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