Descripción del proyecto
EL PRESENTE PROYECTO TIENE COMO OBJETIVO GENERAL LA DESCRIPCION DE REACCIONES QUIMICAS EN ENTORNOS BIOLOGICOS, TALES COMO PROTEINAS, ACIDOS NUCLEICOS Y DISOLUCIONES ACUOSAS, MEDIANTE TECNICAS COMPUTACIONALES, PARA ELLO SE DESARROLLARA, IMPLEMENTARA Y UTILIZARA TEORIAS, METODOS Y TECNICAS DE LA QUIMICA TEORICA Y COMPUTACIONAL, LOS NUEVOS ALGORITMOS Y PROTOCOLOS COMPUTACIONALES SERAN EXPLOTADOS NO SOLO EN LA COMPRENSION DE LAS BASES DE PROCESOS BIOLOGICOS COMPLEJOS, SINO EN EL DISEÑO DE NUEVOS BIOCATALIZADORES Y MEDICAMENTOS CON APLICACIONES EN BIOMEDICINA Y BIOTECNOLOGIA, EN PARTICULAR, ESTOS ESTUDIOS PERMITIRAN DILUCIDAR LOS MECANISMOS DE REACCION DE ENZIMAS INCLUYENDO EFECTOS CUANTICOS CON UNA PERSPECTIVA DINAMICA, Y DISEÑAR NUEVOS AGENTES FARMACOLOGICOS QUE INHIBAN LA ACTIVIDAD DE ENZIMAS, O NUEVOS CATALIZADORES QUE IMITEN LA EFICIENCIA Y CARACTERISTICAS DE LAS ENZIMAS NATURALES,LOS OBJETIVOS DEL PRESENTE PROYECTO SE PUEDEN DIVIDIR EN CUATRO BLOQUES: A) DESARROLLOS METODOLOGICOS EN LOS MODELOS MULTIESCALA PARA REACCIONES QUIMICAS; B) MODELADO DE PROCESOS EPIGENETICOS; C) ESTUDIO DE PROCESOS DE TRANSFERENCIA DE HIDRURO CATALIZADOS POR ENZIMAS; Y D) DISEÑO COMPUTACIONAL DE NUEVOS BIOCATALIZADORES, ESTOS CUATRO BLOQUES ESTAN CONECTADOS INTRINSECAMENTE DADO QUE LOS DESARROLLOS METODOLOGICOS OBTENIDOS EN EL PRIMER BLOQUE SE APLICARAN PARA ALCANZAR LOS OBJETIVOS DE LOS OTROS TRES BLOQUES, EN PARTICULAR, LOS OBJETIVOS DEL BLOQUE A INCLUYEN TRES CATEGORIAS: A1, OPTIMIZAR LOS CALCULOS DE ENERGIA LIBRE EN PROBLEMAS MULTIDIMENSIONALES; A2, ABORDAR EL PROBLEMA DE LA COORDENADA DE REACCION EN CALCULOS DE ENERGIA LIBRE DE SISTEMAS COMPLEJOS; Y A3, IMPLEMENTAR ALGORITMOS PAR EL CALCULO DEL EFECTO TUNEL Y EFECTOS DINAMICOS, EL BLOQUE B SE DEDICADA A LA APLICACION DE METODOS QM / MM PARA EL ESTUDIO DE LA METILACION Y DESMETILACION DEL ADN, INCLUYENDO EL ANALISIS DE LOS INHIBIDORES ACTUALES UTILIZADOS COMO FARMACOS CONTRA EL CANCER, EL ESTUDIO DE LOS PROCESOS ENZIMATICOS EN LOS QUE LA ETAPA DE REACCION QUIMICA IMPLICA LA TRANSFERENCIA DE HIDRURO, UNA REACCION FUNDAMENTAL EN LOS ORGANISMOS VIVOS, DEFINIRA EL BLOQUE C, LOS AVANCES EN EL DESARROLLO DE TECNICAS PARA CUANTIFICAR EL EFECTO TUNEL Y LOS EFECTOS DINAMICOS TENDRA CONSECUENCIAS IMPORTANTES EN EL PROGRESO DE ESTA CAMPO, POR ULTIMO, LA LINEA DE INVESTIGACION QUE SE DESARROLLARA EN EL BLOQUE D TIENE EL OBJETIVO FINAL DE DISEÑAR NUEVOS BIOCATALIZADORES PARA SER UTILIZADOS EN SINTESIS ORGANICA DE PRODUCTOS DE ALTO VALOR, EN ESTE ULTIMO BLOQUE, LOS SISTEMAS ESTUDIADOS TENDRAN DIFERENTE GRADO DE COMPLEJIDAD, DESDE SISTEMAS PROTEICOS SIN METALES DE TRANSICION, METALOPROTEINAS HASTA EL ESTUDIO DE RIBOZIMAS; MACROMOLECULAS BIOLOGICAS A BASE DE COMPLEJOS DE ARN Y PROTEINAS,ESTA INICIATIVA TIENE COMO OBJETIVO COORDINAR Y PROMOVER LOS ESFUERZOS DE DOS GRUPOS DE INVESTIGACION QUE TRABAJAN EN COLABORACION DURANTE CASI DOS DECADAS EN EL DESARROLLO DE METODOS MULTIESCALA APLICADOS AL ESTUDIO DE LOS PROCESOS BIOQUIMICOS, TENIENDO EN CUENTA LOS OBJETIVOS Y LOS TEMAS QUE EL PROYECTO PRETENDE CUBRIR, JUNTO CON LAS COLABORACIONES CON GRUPOS DE INVESTIGACION NACIONALES E INTERNACIONALES TANTO TEORICOS COMO EXPERIMENTALES, CONSIDERAMOS QUE ESTE PROYECTO SE ENCUENTRA EN LA FRONTERA ACTUAL DE UN CAMPO INTERDISCIPLINAR DONDE SE REQUIERE UNA SIMBIOSIS ENTRE LA QUIMICA, LA FISICA Y LA BIOLOGIA, QM/MM\DINÁMICA MOLECULAR\CATÁLISIS ENZIMÁTICA\DISEÑO COMPUTACIONAL\EPIGENÉTICA\TRANSFERENCIA DE HIDRURO\ENERGÍA LIBRE