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PID2020-113203RB-I00

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MODELADO ESTRUCTURAL DE INTERACCIONES PROTEINA-ADN PARA PREDECIR LA MODULACION D...

MODELADO ESTRUCTURAL DE INTERACCIONES PROTEINA-ADN PARA PREDECIR LA MODULACION DE UNION AL ADN. APLICACIONES EN TERAPIA GENICA Y MEDICINA DE SISTEMAS LOS ELEMENTOS REGULADORES DE LA TRANSCRIPCION EN GENOMAS COMPLEJOS SON ACTORES CLAVE DEL GENOMA DURANTE EL DESARROLLO, LA HOMEOSTASIS DE CELULAS Y TEJIDOS, LAS RESPUESTAS A ESTIMULOS EXTERNOS Y ENFERMEDADES, LOS EXPERIMENTOS DE AL... ver más

01/01/2020

UPF

182K€

Presupuesto del proyecto: 182K€

Líder del proyecto

UNIVERSITAT POMPEU FABRA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 322

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2020-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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Líder del proyecto

UNIVERSITAT POMPEU FABRA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 322

Presupuesto del proyecto 182K€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto LOS ELEMENTOS REGULADORES DE LA TRANSCRIPCION EN GENOMAS COMPLEJOS SON ACTORES CLAVE DEL GENOMA DURANTE EL DESARROLLO, LA HOMEOSTASIS DE CELULAS Y TEJIDOS, LAS RESPUESTAS A ESTIMULOS EXTERNOS Y ENFERMEDADES, LOS EXPERIMENTOS DE ALTO RENDIMIENTO DE GENOMICA Y PROTEOMICA HAN PROPORCIONADO UNA PLETORA DE ELEMENTOS REGULADORES ACTIVADORES, PROMOTORES Y POTENCIADORES DEL GENOMA, SIN EMBARGO, SON MUY POCAS LAS PROTEINAS EN HUMANOS QUE LLEGAN A OCUPAR SUS SITIOS DE UNION EN EL ADN EN CONDICIONES FISIOLOGICAS, LO QUE MUESTRA LA IMPORTANCIA DEL EQUILIBRIO ENTRE LA COOPERACION DE LOS FACTORES DE TRANSCRIPCION (TF) Y SU FUERZA DE UNION DEPENDIENTE DEL ENTORNO (DEFINIDO ESTE POR EL ESTADO DE LA CROMATINA Y LAS MARCAS EPIGENETICAS), EL RECONOCIMIENTO COOPERATIVO DE ADN POR MULTIPLES TF DEFINE POSICIONES GENOMICAS UNICAS EN EL GENOMA Y CONFIERE ROBUSTEZ A LA REGULACION, LA MAYORIA DE LOS TF EUCARIOTAS RECLUTAN COFACTORES, BIEN COMO "COACTIVADORES" O COMO "CORREPRESORES", DANDO LUGAR A GRANDES COMPLEJOS DE PROTEINA-PROTEINA Y PROTEINA-ADN QUE PERMITEN REGULAR LA TRANSCRIPCION, POR EJEMPLO, LA COOPERACION DE LOS "FACTORES PIONEROS" (LOS PRIMEROS EN ACTIVAR LA CROMATINA, CULMINANDO EN LA TRANSCRIPCION TRAS EL DESPLAZAMIENTO DE LOS NUCLEOSOMAS), LA FUERZA DE UNION PROTEINA-ADN COBRA ASI UNA EXTRAORDINARIA IMPORTANCIA DE CARA A COMPRENDER LA COOPERACION Y LA REGULACION DE LA TRANSCRIPCION, DE ESTE MODO, LA VARIACION DE LAS INTERACCIONES ENTRE TF Y ADN JUEGAN UN PAPEL CLAVE EN LA VARIACION FENOTIPICA, APROXIMADAMENTE EL 19% DE LOS TF HUMANOS ESTAN ASOCIADOS CON AL MENOS UN FENOTIPO Y UN NUMERO SIGNIFICATIVO DE MUTACIONES ASOCIADAS A ENFERMEDADES SE ENCUENTRAN DENTRO O CERCA DE GENES QUE CODIFICAN A TFS, EN LOS ULTIMOS AÑOS, SE HAN DESARROLLADO DIFERENTES MODELOS, BASADOS EN EL APRENDIZAJE AUTOMATICO, QUE COMBINAN MULTIPLES CAPAS DE INFORMACION GENOMICA, TRANSCRIPTOMICA Y EPIGENOMICA, PARA RECONOCER SECUENCIAS REGULADORAS O CALCULAR LA CAPACIDAD DE GANANCIA Y "DISRUPCION" EN ALELOS DE LAS VARIACIONES SINGULARES DE NUCLEOTIDOS (SNV), LA FUERZA DE UNION DE LOS TF NO SOLO PUEDE VERSE AFECTADA POR MUTACIONES, SINO TAMBIEN POR MODIFICACIONES EPIGENETICAS, COMO LA METILACION DE LAS BASES DE CITOSINA, LAS NUEVAS METODOLOGIAS HAN MOSTRADO QUE LAS METILACIONES SON ABUNDANTES EN TODO EL GENOMA EXCEPTO EN LAS REGIONES REGULADORAS ACTIVAS, COMO PROMOTORES Y POTENCIADORES, TAMBIEN EXISTEN EJEMPLOS EN LOS QUE LA MODIFICACION DE UNA SOLA CITOSINA AFECTA DIRECTAMENTE LA UNION DEL TF Y LA REGULACION DE UN GEN IN VIVO,POR CONSIGUIENTE, COMPRENDER LAS CARACTERISTICAS QUE DETERMINAN LA FUERZA DE UNION DE TFS AL ADN, ASI COMO LA COOPERACION ENTRE ESTOS, ES CRUCIAL PARA EXPLICAR LA REGULACION GENICA EN CIS Y LA RELACION GENOTIPO-FENOTIPO, EL PRINCIPAL OBJETIVO DEL PROYECTO ES COMPRENDER, MODELAR Y PREDECIR EL EFECTO EN LA REGULACION DE LOS CAMBIOS, GENETICOS Y/O EPIGENETICOS, EN LA SECUENCIA DEL ADN, NUESTRO ESTUDIO AYUDARA A COMPRENDER LOS MECANISMOS DE LOS FACTORES PIONEROS Y AL REDISEÑO DE PROTEINAS DE UNION AL ADN, COMO LAS INTEGRASAS, TRANSPOSASAS Y NUCLEASAS, MUY RELEVANTES EN LA EDICION DEL GENOMA, ALGUNOS EJEMPLOS SON EL REDISEÑO DE LA ENDONUCLEASA I-MSOL O EL USO DE LA TRANSPOSASA PIGGYBAC (PB) EN LA EDICION DEL GENOMA, RECIENTEMENTE UTILIZADA GRACIAS A QUE ESTA NO DEJA RASTRO EN EL GENOMA TRAS LA TRANSPOSICION, MIENTRAS QUE LAS NUCLEASAS SE HAN SE LLE VAN UTILIZANDO DESDE LAS PRIMERAS APLICACIONES EN TERAPIA GENICA EN COMBINACION CON DEDOS DE ZINC O CRISPR, FACTORES DE TRANSCRIPCION\REGULACION EN CIS\MODELADO POR HOMOLOGIA\EDICION DEL GENOMA\TERAPIA GENICA\UNION PROTEINA-ADN\SNVS EN ENFERMEDADES GENETICAS\SITIOS DE UNION COOPERATIVOS\METILACION DE CITOSINAS

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