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PID2020-119255GB-I00

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METODOS, HERRAMIENTAS COMPUTACIONALES Y ESTUDIOS EMPIRICOS ENFOCADOS A LA DETECC...

METODOS, HERRAMIENTAS COMPUTACIONALES Y ESTUDIOS EMPIRICOS ENFOCADOS A LA DETECCION DE LAS SEÑALES GENOMICAS DEBIDAS A LA SELECCION POR DOMESTICACION ESTA PROPUESTA TIENE COMO OBJETIVO AUMENTAR LA COMPRENSION DE LOS PRINCIPALES MECANISMOS QUE MODULAN EL PROCESO DE ADAPTACION PRODUCIDO POR RAPIDOS CAMBIOS (AMBIENTALES), COMO LA DOMESTICACION (EN ESTE CASO UN CAMBIO PRODUCIDO POR... ver más

01/01/2020

CENTRE RECERCA EN...

84K€

Presupuesto del proyecto: 84K€

Líder del proyecto

CENTRE RECERCA EN AGRIGENOMICA CSIC IRTA UAB... Otra investigación y desarrollo experimental en ciencias naturales y técnicas organismos publicos

TRL 4-5 | 50K€

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2020-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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Líder del proyecto

CENTRE RECERCA EN AGRIGENOMICA CSIC IRTA UAB... Otra investigación y desarrollo experimental en ciencias naturales y técnicas organismos publicos

TRL 4-5 | 50K€

Presupuesto del proyecto 84K€

Descripción del proyecto ESTA PROPUESTA TIENE COMO OBJETIVO AUMENTAR LA COMPRENSION DE LOS PRINCIPALES MECANISMOS QUE MODULAN EL PROCESO DE ADAPTACION PRODUCIDO POR RAPIDOS CAMBIOS (AMBIENTALES), COMO LA DOMESTICACION (EN ESTE CASO UN CAMBIO PRODUCIDO POR LA ESPECIE HUMANA), EL PROCESO DE DOMESTICACION ES UN MODELO EXCELENTE PARA ESTUDIAR LOS EFECTOS GENOMICOS DE LA SELECCION PORQUE (I) HAY ESPECIES CON POBLACIONES DOMESTICAS Y SILVESTRES PARA COMPARAR; (II) SABEMOS QUE HA HABIDO SELECCION SOBRE LAS POBLACIONES DOMESTICAS, YA QUE HAN SIDO MODIFICADAS PROGRESIVAMENTE POR EL INTERES HUMANO Y (III) LA MODIFICACION DE LAS ESPECIES DOMESTICADAS HA SIDO RAPIDA EN TERMINOS DE TIEMPO EVOLUTIVO, ESTA PROPUESTA ES UNA CONTINUACION DE LOS PROYECTOS FINANCIADOS ANTERIORMENTE (CGL2009-09346, AGL2013-41834, AGL2016-78709-R), EN EL QUE SE EXPLORARAN LOS EFECTOS DE LA SELECCION A TRAVES DE LA INFERENCIA DE LA DISTRIBUCION DE EFECTOS SELECTIVOS EN EL GENOMA, INCLUIDAS LAS ESPECIES POLIPLOIDES AUN POCO EXPLORADAS, O MEDIANTE LA PROPUESTA DE UN NUEVO METODO QUE COMBINA LA ASOCIACION GENOTIPO-FENOTIPO CON ESTADISTICOS USADOS EN GENETICA DE POBLACIONES, EN ESTA PROPUESTA SE HA ADOPTADO UNA ESTRATEGIA INTERDISCIPLINARIA: (I) DESARROLLO DE METODOLOGIAS TEORICAS Y ESTADISTICAS; (II) APLICAR ESTOS METODOS Y OTROS DISPONIBLES PARA EL ESTUDIO DE DATOS EMPIRICOS (GENERADOS ANTERIORMENTE POR NUESTRO GRUPO Y DE BASES DE DATOS PUBLICAS) PARA COMPRENDER EL PROCESO DE ADAPTACION DE LAS POBLACIONES DOMESTICAS, Y (III) TRANSFERIR ESTAS METODOLOGIAS A HERRAMIENTAS DE SOFTWARE PARA HACERLAS DISPONIBLES, PARA EL PUBLICO EN GENERAL Y LOS INVESTIGADORES, LAS DIFERENTES ESTRATEGIAS (METODOS, SOFTWARE, ANALISIS) ESTAN INTERRELACIONADAS Y SE DESARROLLARAN DE FORMA COORDINADA, ADICIONALMENTE, EL SOFTWARE DESARROLLADO EN ESTE PROYECTO, JUNTO CON OTRAS HERRAMIENTAS QUE HEMOS DESARROLLADO PREVIAMENTE, SERAN CONSIDERADOS POR UNA EMPRESA DE BIOTECNOLOGIA PARA SER INCLUIDOS EN SU CADENA DE ANALISIS, ESPECIFICAMENTE, LAS METODOLOGIAS A DESARROLLAR SON TRES: (I) EL DESARROLLO DE UN METODO BAYESIANO PARA DETECTAR LA FRECUENCIA MUESTRAL DE LAS SNPS A PARTIR DE POOLS O DE POLIPLOIDES, CON EL OBJETIVO DE OBTENER UN ESPECTRO INSESGADO DE FRECUENCIAS DE LAS VARIANTES; (II) EL DESARROLLO DE UN ALGORITMO PARA ESTIMAR LA DISTRIBUCION DE EFECTOS SELECTIVOS EN ESPECIES AUTOPOLIPLOIDES, Y (III) EL DESARROLLO DE UN NUEVO METODO ESTADISTICO PARA DETECTAR EL EFECTO DE EVENTOS SELECTIVOS FUERTES ASOCIADOS CON UN FENOTIPO, BASADO EN LA SEÑAL DE DESEQUILIBRIO DE LIGAMIENTO CAUSADA POR BARRIDOS SELECTIVOS, EL CODIGO Y LAS APLICACIONES DE SOFTWARE SE DESARROLLARAN CONJUNTAMENTE CON LOS ALGORITMOS PARA VALIDARLOS Y SE UTILIZADOS EN ESTUDIOS EMPIRICOS, ESTAS HERRAMIENTAS Y OTRAS DISPONIBLES SE UTILIZARAN PARA EL ESTUDIO DE LAS DIFERENCIAS DE EFECTO SELECTIVO ENTRE POBLACIONES DOMESTICAS Y SILVESTRES, CENTRANDOSE EN LAS ESPECIES PORCINA Y BOVINO PARA LAS DIPLOIDES, Y EN LA PATATA PARA LAS ESPECIES AUTOTETRAPLOIDES, DISTRIBUTION FITNESS EFFECTS\GENOMICS\DOMESTICATION\SOFTWARE\POLYPLOIDY

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