DPI2015-68982-R
Financiado
MEDICINA PROTEOGENOMICA EN CANCER: IDENTIFICACION Y DETECCION DE PEPTIDOS BIOMARCADORES MEDIANTE ESPECTROMETRIA DE MASAS
EL CANCER ES UNA DE LAS PRINCIPALES CAUSAS DE MUERTE A NIVEL MUNDIAL, CON UNA TASA EN TORNO AL 15 % DE LAS MUERTES ANUALES TOTALES, SE HAN DESCRITO MAS DE 200 FORMAS DE CANCER, CADA UNA DE LAS CUALES PRESENTA DISTINTOS SUBTIPOS QU...
EL CANCER ES UNA DE LAS PRINCIPALES CAUSAS DE MUERTE A NIVEL MUNDIAL, CON UNA TASA EN TORNO AL 15 % DE LAS MUERTES ANUALES TOTALES, SE HAN DESCRITO MAS DE 200 FORMAS DE CANCER, CADA UNA DE LAS CUALES PRESENTA DISTINTOS SUBTIPOS QUE CONDICIONAN EL TRATAMIENTO O LA ESPERANZA DE VIDA DE LOS PACIENTES, EL PROYECTO GENOMA HUMANO SUPUSO UN HITO FUNDAMENTAL EN LA INVESTIGACION DEL CANCER, YA QUE HA PERMITIDO IDENTIFICAR GENES RESPONSABLES DE LA ENFERMEDAD, ALGUNOS DE ESTOS RESULTADOS SE USAN EN ONCOLOGIA CLINICA PARA EL DIAGNOSTICO O LA ELECCION DE TRATAMIENTO DE LOS PACIENTES, EL SIGUIENTE PASO HACIA LA COMPRENSION DEL FUNCIONAMIENTO DE LA CELULA ES EL ESTUDIO DEL PROTEOMA, ESTE ESFUERZO HA SIDO ASUMIDO POR EL PROYECTO PROTEOMA HUMANO, AMBICIOSO PROYECTO QUE UNE A LOS MAS PRESTIGIOSOS CENTROS DE INVESTIGACION DE TODO EL MUNDO PARA CATALOGAR LAS PROTEINAS HUMANAS Y DEFINIR SU RELACION CON LAS ENFERMEDADES, LAS IMPLICACIONES DE SU EXITO SOLO PUEDEN COMPARARSE CON EL IMPACTO QUE TUVO LA OBTENCION DEL GENOMA HUMANO, ACTUALMENTE, LA ESPECTROMETRIA DE MASAS ES LA UNICA TECNOLOGIA CAPAZ DE IDENTIFICAR Y CUANTIFICAR PROTEINAS CON GRAN PRECISION Y ALTO RENDIMIENTO, EN UN EXPERIMENTO DE ESTE TIPO, CIENTOS DE MILES DE ESPECTROS MS/MS DEBEN SER ASIGNADOS A PEPTIDOS EMPLEANDO METODOS COMPUTACIONALES PARA CONTROLAR EL NUMERO DE IDENTIFICACIONES INCORRECTAS, PARA REALIZAR ESTAS ASIGNACIONES ES NECESARIA UNA ETAPA DE PROCESADO DE SEÑAL QUE TIENE UNA INFLUENCIA DETERMINANTE EN LA CALIDAD DE LOS RESULTADOS, LOS ESPECTROS ESTAN CONTAMINADOS CON ALTOS NIVELES DE RUIDO QUIMICO Y ELECTRONICO, QUE HACE NECESARIO DISPONER DE METODOS DE FILTRADO (DENOISING) DE UNA ALTA EFICIENCIA PARA INCREMENTAR LA RELACION SEÑAL A RUIDO DE LA SEÑAL Y PERMITIR DE ESTA FORMA UNA IDENTIFIACION CORRECTA, EN ESTE SENTIDO, APLICAREMOS EL ANALISIS MULTIRESOLUCION DE SEÑALES, BASADO EN LA TRANFORMADA WAVELET O WAVELET PACKET, PARA AUMENTAR EL RENDIMIENTO OBTENIDO EN ESTOS EXPERIMENTOS EN RELACION AL NUMERO DE ESPECTROS ASIGNADOS, A CONTINUACION, SE DEBE RESOLVER UN PROBLEMA DE COMPARACION O CLASIFICACION DE PATRONES, APLICANDO UN ALGORITMO PARA RECONOCER CADA UNO DE LOS ESPECTROS OBTENIDOS EN UNA BASE DE DATOS CON CIENTOS DE MILES DE ESPECTROS CONOCIDOS (LIBRERIAS DE ESPECTROS), ACTUALMENTE ESTA TAREA REQUIERE DE UN PROCESO DE DISCRETIZACION EN MASA DE LOS PUNTOS OBTENIDOS EN EL MUESTREO NO UNIFORME DE LOS FRAGMENTOS DEL PEPTIDO Y DE UNA COMPLEJA NORMALIZACION PARA EVITAR ERRORRES EN LA ASIGNACION, SIN EMBARGO, EL EMPLEO DE UNA REPRESENTACION MULTIESCALA DEL ESPECTRO MS/MS NOS VA A PERMITIR MEJORAR SENSIBLEMENTE EL RECONOCIMIENTO DE LA SEÑAL PARTIENDO DE UN PROCESADO MENOS EXIGENTE, EN ESTE PROYECTO PLANTEAMOS UN ESCENARIO EXTREMO, YA QUE DESEAMOS IDENTIFICAR PEPTIDOS POCO ABUNDANTES (PRODUCEN NIVELES BAJOS DE SEÑAL EN EL DETECTOR), Y QUE EN ALGUNOS CASOS DIFIEREN EN UN UNICO AMINOACIDO CON RESPECTO A OTROS PEPTIDOS, ESTO SE TRADUCE EN ESPECTROS CON UNA RELACION SEÑAL A RUIDO BAJA Y QUE DAN LUGAR A MULTIPLES COINCIDENCIAS EN LA LIBRERIA DE ESPECTROS EN EL PROCESO DE CLASIFICACION, UTILIZANDO ESTA METODOLOGIA DE PROCESADO DE SEÑAL, DESARROLLAREMOS UNA HERRAMIENTA BIOINFORMATICA PARA LA DETECCION DE PEPTIDOS BIOMARCADORES EN MUESTRAS TUMORALES, QUE SERVIRAN PARA TOMAR DECISIONES CLINICAS, Y QUE EVALUAREMOS A TRAVES DEL ESTUDIO DEL SCHWANNOMA O NEURINOMA VESTIBULAR, UN TUMOR BENIGNO QUE SURGE DE LAS CELULAS DE SCHWANN DE LOS NERVIOS VESTIBULARES, BIOINFORMÁTICA\CÁNCER\MEDICINA PERSONALIZADA\PROTEOGENÓMICA\ESPECTROMETRÍA DE MASAS\PROCESADO DE ESPECTROS MS\WAVELETS
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Línea de financiación: concedida
El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2015-01-01
AEI
No se conoce la línea exacta de financiación, pero conocemos el organismo encargado de la revisión del proyecto.
Presupuesto
El presupuesto total del proyecto asciende a
118K€
Líder del proyecto
FUNDACIÓN INSTITUTO DE INVESTIGACIÓN SANITARI...
Investigación y desarrollo experimental en ciencias sociales y humanidades asociacion
