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BIO2017-85329-R

Financiado

ISPBM: MODELADO ESTRUCTURAL DE LA INTERACCION ENTRE FACTORES DE TRANSCRIPCION Y...

ISPBM: MODELADO ESTRUCTURAL DE LA INTERACCION ENTRE FACTORES DE TRANSCRIPCION Y DNA CON APLICACIONES BIOMEDICAS EN REDES Y MEDICINA DE SISTEMAS LAS INTERACCIONES ENTRE LOS FACTORES DE TRANSCRIPCION (FFT) Y EL ADN JUEGAN UN PAPEL IMPORTANTE EN MUCHOS PROCESOS BIOLOGICOS, LOS ANALISIS GENOMICOS SUELEN EXPLORAR LOS POSIBLES SITIOS DE UNION DE FFT (LLAMADOS MOTIVOS) MEDIANTE... ver más

01/01/2017

UPF

182K€

Presupuesto del proyecto: 182K€

Líder del proyecto

UNIVERSITAT POMPEU FABRA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 321

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2017-01-01

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Participantes

UPF

Lider

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Líder del proyecto

UNIVERSITAT POMPEU FABRA

Total investigadores 321

Presupuesto del proyecto 182K€

Descripción del proyecto LAS INTERACCIONES ENTRE LOS FACTORES DE TRANSCRIPCION (FFT) Y EL ADN JUEGAN UN PAPEL IMPORTANTE EN MUCHOS PROCESOS BIOLOGICOS, LOS ANALISIS GENOMICOS SUELEN EXPLORAR LOS POSIBLES SITIOS DE UNION DE FFT (LLAMADOS MOTIVOS) MEDIANTE MODELOS ESPECIFICOS DEL DOMINIO DE UNION A ADN CARACTERISTICO DE CADA FT, AUNQUE SE HAN IDENTIFICADO UN GRAN NUMERO DE FFT, NO SE SABE CON EXACTITUD QUE MOTIVOS RECONOCEN, LA MAYOR DIFICULTAD PARA ESTUDIAR LA ESPECIFICIDAD DE LA ASOCIACION FT-ADN HA SIDO LA ESCASEZ DE DATOS ESTRUCTURALES, SE HAN LLEVADO A CABO VARIOS ESTUDIOS PARA CARACTERIZAR LAS REGIONES DE UNION DE LOS FFT MEDIANTE EL ALINEAMIENTO DE LAS SECUENCIAS DE LOS MOTIVOS OBTENIDOS EXPERIMENTALMENTE, FORMANDO UN PERFIL DENOMINADO MATRIZ DE PESOS POR POSICION (MPP), BUENA PARTE DE LOS RESULTADOS DE ESTOS EXPERIMENTOS SE RECOGE EN LA BASE DE DATOS CIS-BP, EN ESTE PROYECTO, UTILIZAREMOS EL MODELADO POR HOMOLOGIA PARA AMPLIAR EL NUMERO DE ESTRUCTURAS DE COMPLEJOS FT-ADN QUE SE ENCUENTRAN EN CIS-BP, UTILIZAREMOS ESTOS MODELOS PARA CALCULAR LOS POTENCIALES ESTADISTICOS ESPECIFICOS DE CADA FAMILIA DE FFT Y ESTOS A SU VEZ PARA CARACTERIZAR LA ESPECIFICIDAD DE LAS INTERACCIONES ENTRE LOS FFT Y SUS MOTIVOS EN EL ADN A TRAVES DE LAS MPP TEORICAS, DE ESTE MODO, SON IMPORTANTES PARA EL ESTUDIO Y CARACTERIZACION MOLECULAR DE DIFERENTES ENFERMEDADES Y FENOTIPOS: PRIMERO, OBTENER LA CORRESPONDENCIA ENTRE LOS FFT Y SUS MOTIVOS DE ADN; SEGUNDO, ESTUDIAR EL POSIBLE CAMBIO DE ESPECIFICIDAD CAUSADO POR MUTACIONES EN EL ADN; Y TERCERO, PROPONER LA RECONSTRUCCION MEDIANTE INGENIERIA DE PROTEINAS DE FFT ALTAMENTE ESPECIFICOS DE UN MOTIVO DE ADN CONCRETO, ANALIZAREMOS EN QUE MODO LAS MUTACIONES EN LAS REGIONES DE UNION DEL ADN AFECTAN A SU INTERACCION CON LOS FFT Y PROVOCAN LA REORGANIZACION DE LA RED DE INTERACCIONES ENTRE PROTEINAS, A MODO DE EJEMPLO, TRABAJOS RECIENTES HAN DEMOSTRADO QUE LA SELECCION POSITIVA DE MUTACIONES EN LOS SITIOS DE UNION DE DETERMINADOS FFT AFECTA A LA REGULACION DE IMPORTANTES FUNCIONES DE CELULAS CANCEROSAS, ASI MISMO, EN EL ESTUDIO DEL INTERACTOMA CRUZADO ENTRE ESPECIES, EN QUE APARECEN PROTEINAS DE DIFERENTES ESPECIES, ALGUNAS DE LAS PROTEINAS DE UNA DE ESTAS PUEDEN ACTUAR COMO FFT DE LA OTRA, AFECTANDO POR CONSIGUIENTE LA RED DE REGULACION GENICA, EN CONCLUSION, EL OBJETIVO DE ESTA PROPUESTA ES COMPRENDER LOS MECANISMOS DE RECONOCIMIENTO E INTERACCION DE LOS FFT CON SU CORRESPONDIENTE SITIO DE UNION AL ADN, FOCALIZANDO EN APLICACIONES BIOMEDICAS DE LAS REDES DE INTERACCIONES Y EN MEDICINA SISTEMICA, CONSTRUIREMOS LAS HERRAMIENTAS BIOINFORMATICAS QUE PERMITAN: 1) PREDECIR Y MODELAR LA UNION FT-ADN EN REGIONES PROMOTORAS; 2) PREDECIR EL EFECTO DE LAS MUTACIONES EN AMBOS LADOS DE LA INTERFASE DE LA INTERACCION, POR ULTIMO, LAS NUCLEASAS PROGRAMABLES QUE SE EMPLEAN EN LA EDICION DEL GENOMA SE CONSTRUYEN DE FORMA SINTETICA MEDIANTE LA FUSION DE UNA NUCLEASA Y UN FACTOR DE UNION AL ADN ALTAMENTE ESPECIFICO (COMO POR EJEMPLO LOS EFECTORES-ACTIVADORES DE TRANSCRIPCION, LLAMADOS TALE, LOS FACTORES DE TRANSCRIPCION DE LA FAMILIA DE LOS DEDOS DE CINC C2H2, O BIEN GUIADOS POR ARN EMPLEANDO EL MECANISMO CRISPR), EN ESTE PROYECTO PROPONEMOS ADEMAS UNA TERCERA APLICACION: EL DESARROLLO DE UNA HERRAMIENTA BIOINFORMATICA QUE PROPONGA LA MODIFICACION DE LA SECUENCIA DE UN FT Y LO DIRIGA ESPECIFICAMENTE A UN MOTIVO CONCRETO DEL ADN, DE MODO QUE PUEDA SER UTILIZADO PARA CONSTRUIR NUEVAS NUCLEASAS PROGRAMABLES, FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN\INTERACCIÓN PROTEÍNA-DNA\MODELADO DE MACROMOLECULAS\EDICIÓN DEL GENOMA\RED DE REGULACIÓN

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