Descripción del proyecto
LAS BACTERIAS AMBIENTALES SE DESARROLLAN EN UNA AMPLIA GAMA DE AMBIENTES, INCLUYENDO EL AGUA DULCE Y DE MAR, PERO LA MAYORIA DE LOS NICHOS MICROBIANOS TIENEN UN SUMINISTRO RELATIVAMENTE LIMITADO DE AGUA, EL SUELO, UNO DE LOS PRINCIPALES RESERVORIOS DE DIVERSIDAD MICROBIANA, ASI COMO UNA DE LAS PRINCIPALES FUENTES DE MICROORGANISMOS CON APLICACIONES BIOTECNOLOGICAS, ES UN EJEMPLO TIPICO DE SUSTRATO SOLIDO HETEROGENEO Y LIMITADO EN AGUA DONDE, SIN EMBARGO, LA BIODIVERSIDAD MICROBIANA MEDRA, EN CONTRASTE CON LA SITUACION DE LA NATURALEZA, LOS CULTIVOS MICROBIANOS SE REALIZAN EN EL LABORATORIO CON UN SUMINISTRO FIJO DE AGUA, COMO ES EL CASO DE LOS LLAMADOS MEDIOS "SOLIDOS" (PLACAS DE AGAR) O DE LOS MEDIOS LIQUIDOS UTILIZADOS DURANTE DECADAS PARA EL CULTIVO DE CEPAS BACTERIANAS Y FUNGICAS,ESTE SUBPROYECTO 1 DE SETH BUSCA EL DESARROLLO Y PRUEBA DE CONCEPTO DE NUEVOS DISPOSITIVOS DE CULTIVO QUE PERMITAN UN MEJOR AISLAMIENTO DE LOS MICROORGANISMOS XEROFILOS Y SU CRECIMIENTO EN REACTORES SIMILARES A LOS DE LA FERMENTACION EN ESTADO SOLIDO (SSF), SE PLANTEO LA HIPOTESIS DE QUE, DADA LA ESCASEZ DE AGUA EN MUCHOS ENTORNOS NATURALES, SE PODRIA UTILIZAR UN CONTENIDO LIMITADO DE AGUA EN CULTIVOS MICROBIANOS OPTIMIZADOS, COMPROBAMOS ESTA IDEA EN UNA SERIE DE EXPERIMENTOS PRELIMINARES EN MEDIO LIQUIDO Y SOBRE UN SUSTRATO SOLIDO (PAÑO DE LIMPIEZA COMERCIAL CON R2A), COMO DESCRIBIMOS EN LA PROPUESTA, VARIOS AISLADOS EXTREMOFILOS CRECIERON DE HECHO MEJOR EN TELA EMPAPADA QUE EN CONDICIONES LIQUIDAS,PROPONEMOS DOS ENFOQUES PRINCIPALES: (1) DESARROLLO DE UNA HERRAMIENTA DE CRIBADO EN FORMA DE DISPOSITIVO DE CULTIVO SOLIDO CON DISPONIBILIDAD CONTROLADA DE AGUA, ESTE DISPOSITIVO PERMITIRA AISLAR LAS CEPAS AMBIENTALES A UNA MAYOR VELOCIDAD QUE LOS CULTIVOS ACTUALES BASADOS EN PLACAS DE PETRI, SE PROBARA ESTE DISPOSITIVO Y SE COMPARARA CON LAS TECNICAS DE CULTIVO HABITUALES, EN TERMINOS DE NUMERO Y DIVERSIDAD DE MICROORGANISMOS CULTIVABLES, ESPERAMOS QUE ESTE DISPOSITIVO AYUDE A RESOLVER UN PROBLEMA BIEN CONOCIDO EN ECOLOGIA MICROBIANA, LA "ANOMALIA DEL RECUENTO EN PLACA" (EL HECHO DE QUE LAS BACTERIAS CULTIVABLES SON SOLO UNA FRACCION DEL TOTAL), (2) UN ENFOQUE REFERIDO A LA FERMENTACION INDUSTRIAL, PLANEAMOS DESARROLLAR SISTEMAS MEJORADOS DE SSF PARA EL CULTIVO MICROBIANO, UTILIZANDO NUEVOS MATERIALES CON POROSIDAD DEFINIDA, Y PROBANDO CEPAS SELECCIONADAS EN CULTIVO PURO Y CO-CULTIVO, ESTO PERMITIRA ESTANDARIZAR EL PROCESO MEDIANTE LA DEFINICION DE LOS PARAMETROS BIOLOGICOS Y FISICOQUIMICOS DEL PROCESO Y SUPERAR LAS LIMITACIONES ACTUALES EN RENDIMIENTO Y REPRODUCIBILIDAD,LAS CEPAS UTILIZADAS EN SETH PROCEDERAN DE: (I) NUESTRA COLECCION DE XEROTOLERANTES PROCEDENTES DEL PROYECTO ANTERIOR HELIOS; (II) UNA NUEVA COLECCION SELECCIONADA UTILIZANDO EL DISPOSITIVO DE BIOPROSPECCION DESCRITO EN LA PRESENTE PROPUESTA; (III) EVOLUCION EXPERIMENTAL CON LA PLATAFORMA EVOLVER, APLICANDO PRESIONES DE SELECCION (SIMULACION DE DESECACION EN NUESTRO CASO) DURANTE GENERACIONES, SE UTILIZARAN ANALISIS OMICOS PARA ESTUDIAR LOS DETERMINANTES MOLECULARES IMPLICADOS EN LA ADAPTACION A LA DESECACION, FINALMENTE, EL SUBPROYECTO INCLUYE EL DESARROLLO DE UN PROTOTIPO A MEDIA ESCALA PARA PROBAR EL FUNCIONAMIENTO DE LOS SISTEMAS DISEÑADOS A PARTIR DE LOS RESULTADOS OBTENIDOS, QUE COMBINARA EL CONOCIMIENTO GENERADO EN TERMINOS DE FACTORES ASOCIADOS A LA RESISTENCIA A LA DESECACION, ELECCION DEL SUSTRATO, DISEÑO DEL REACTOR Y CONDICIONES DE CRECIMIENTO, ANHIDROBIOSIS\XEROTOLERANCIA\POLIEXTREMÓFILO\BIOTECNOLOGÍA\CHASIS\BIOCOMPUTACIÓN\EVOLUCIÓN DIRIGIDA