Descripción del proyecto
LAS FRUCTIFERAS COLABORACIONES MANTENIDAS EN EL PASADO CON EL GRUPO DE LA UNIVERSIDAD DE CASTELLON NOS HAN CONVENCIDO DE LA PERTINENCIA DE LA PRESENTE SOLICITUD DE UN PROYECTO COORDINADO, LA COMPLEMENTARIEDAD DE LOS EQUIPOS DEBE PERMITIR DESARROLLAR Y MEJORAR METODOS Y TECNICAS DE LA QUIMICA COMPUTACIONAL PARA CONSEGUIR SU APLICACION A PROBLEMAS DE INTERES DENTRO DEL CAMPO DE LA REACTIVIDAD EN SISTEMAS BIOLOGICOS, EL ESTUDIO DE LOS PROCESOS QUIMICOS EN ESTOS SISTEMAS ES DE UNA EXTRAORDINARIA COMPLEJIDAD Y REQUIERE ANALISIS TEORICOS QUE ORIENTEN INVESTIGACIONES ULTERIORES, EL CONOCIMIENTO DE LA SUPERFICIE DE ENERGIA POTENCIAL, EXIGE UN TRATAMIENTO CUANTICO DEL SUBSISTEMA QUE REACCIONA, POR OTRA PARTE, EL EFECTO DE UN MEDIO COMPLEJO DEBE SER INCORPORADO DE UNA FORMA REALISTA, LOS METODOS QM/MM PERMITEN ALCANZAR AMBOS REQUISITOS Y ADEMAS SON APROPIADOS PARA REALIZAR SIMULACIONES ESTADISTICAS QUE INCORPORAN EL EFECTO DE LAS MULTIPLES CONFIGURACIONES ACCESIBLES AL SISTEMA, ESTAS METODOLOGIAS CONSTITUYEN LA BASE SOBRE LA QUE SE ASIENTA NUESTRA LABOR, EN LOS ULTIMOS AÑOS HEMOS VENIDO TRABAJANDO EN PROBLEMAS RELEVANTES EN EL CAMPO DE LA QUIMICA CON APLICACIONES EN BIOTECNOLOGIA Y QUE HAN MERECIDO RECIENTEMENTE EL RECONOCIMIENTO EN EL PREMIO EXPOQUIMIA I+D+I 2008, EL ESTUDIO DE PROCESOS ENZIMATICOS Y EL DESARROLLO DE NUEVAS METODOLOGIAS PARA EL ANALISIS DE LOS MISMOS NOS PERMITEN CARACTERIZAR TEORICAMENTE EL ESTADO DE TRANSICION DE ESTAS REACCIONES INCORPORANDO EL EFECTO DEL ENTORNO, LA HIPOTESIS BASICA DEL PRESENTE PROYECTO ES QUE EL CONOCIMIENTO DE LAS PROPIEDADES DEL ESTADO DE TRANSICION CARACTERIZADO EN LA ENZIMA NATURAL SIRVEN DE GUIA EN EL DISEÑO RACIONAL DE MUTACIONES DIRIGIDAS EN EL CENTRO ACTIVO PARA AUMENTAR LA EFICACIA DE UN CATALIZADOR (ENZIMA NATURAL, PROTEINA DISEÑADA O ANTICUERPO CATALITICO) O BIEN COMO MOLDE PARA LA GENERACION DE NUEVOS Y MAS POTENTES INHIBIDORES CON UNA ENERGIA LIBRE DE UNION MEJORADA, EL PROYECTO COORDINADO SE ESTRUCTURA A LO LARGO DE TRES EJES: ESTUDIO DE PROCESOS ENZIMATICOS, DISEÑO DE BIOCATALIZADORES Y DISEÑO DE INHIBIDORES, EN CADA UNO DE ELLOS SE INCORPORAN OBJETIVOS DE TIPO METODOLOGICO Y DE APLICACIONES, A CONTINUACION SE RECOGEN LOS OBJETIVOS PREVISTOS INDICANDO MEDIANTE LAS SIGLAS C, V O CV SI SE TRATA DE UN OBJETIVO A DESARROLLAR FUNDAMENTALMENTE POR EL GRUPO DE CASTELLON, VALENCIA O COORDINADO,A) ESTUDIO DE MECANISMOS DE REACCION ENZIMATICOS A1) METODOLOGIAA1,1: DESARROLLO DE METODOS AB INITIO / MM METHODS, (C)A1,2: DESARROLLO DE NUEVOS HAMILTONIANOS SEMIEMPIRICOS (CV)A1,3: OPTIMIZACION DE ALGORITMOS PARA EL CALCULO DE POTENCIALES DE FUERZA MEDIA 2-D (CV)A1,4: IMPLEMENTACION DE METODOS PARA EL ANALISIS DE EFECTOS DINAMICOS EN BIOCATALISIS (V) A2) APLICACIONESA2,1: METALOENZIMAS (C)A2,2: ENZYMAS ACTUANDO SOBRE ADN (V)A2,3: ESTUDIOS QM/MM DE LA PRESION SOBRE BIOCATALISIS (C)A2,4: ESTUDIOS QM/MM DE LIQUIDOS IONICOS EN BIOCATALISIS (C)B) DISEÑO DE NUEVOS CATALIZADORESB1: PROMISCUIDAD ENZIMATICA Y ANTICUERPOS CATALITICOS ENZYME (V)B2: ESTUDIOS QM/MM DE PROMISCUIDAD CATALITICA MODULADA POR METAL SWITCHING (C)B3: DISEÑO DE NOVO DE CATALIZADORES BIOLOGICOS (CV)C) DISEÑO DE DROGAS CON APLICACIONES FARMACEUTICASC1: DETERMINACION DE SITIOS DE UNION DE INHIBIDORES EN CENTROS ACTIVOS (V)C2: PREDICCION BIOLOGICA POR ANALISIS DE LA UNION DEL ESTADO DE TRANSICION (CV) C3: DISEÑO DE FARMACOS BASADOS EN ESTRATEGIAS NO INHIBITORIAS (C) CATALISIS ENZIMATICA\DISEÑO BIOCATALIZADORES\INHIBICION ENZIMATICA\METODOS QM/MM\DINAMICA MOLECULAR