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RTI2018-096487-R-C33

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ESTIMACION DEL IMPACTO DE LA CONSANGUINIDAD DEL HUESPED SOBRE LA DIVERSIDAD Y AB...

ESTIMACION DEL IMPACTO DE LA CONSANGUINIDAD DEL HUESPED SOBRE LA DIVERSIDAD Y ABUNDANCIA DE LA MICROBIOTA DE LOS TRACTOS REPRODUCTIVOS EN OVINO DURANTE LOS ULTIMOS AÑOS, EL ESTUDIO DE LA COMPOSICION Y ABUNDANCIA DE LA MICROBIOTA SE HA BENEFICIADO ENORMEMENTE DEL DESARROLLO DE LAS NUEVAS TECNOLOGIAS DE SECUENCIACION MASIVA, EN EL PASADO, LAS TECNICAS TRADICIONALES SOLO PER... see more

01/01/2018

INST NAL DE INVEST...

91K€

Project Budget: 91K€

Project leader

INST NAL DE INVESTIGACION Y TECNOLOGIA AGRARI... Otra investigación y desarrollo experimental en ciencias naturales y técnicas organismos publicos

TRL 4-5 | 100K€

PARTICIPATION DEPralty Sin fecha límite de participación.

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INST NAL DE INVESTIGACION Y TECNOLOGIA AGRARI... Otra investigación y desarrollo experimental en ciencias naturales y técnicas organismos publicos

TRL 4-5 | 100K€

Project Budget 91K€

participation deadline Sin fecha límite de participación.

Project description DURANTE LOS ULTIMOS AÑOS, EL ESTUDIO DE LA COMPOSICION Y ABUNDANCIA DE LA MICROBIOTA SE HA BENEFICIADO ENORMEMENTE DEL DESARROLLO DE LAS NUEVAS TECNOLOGIAS DE SECUENCIACION MASIVA, EN EL PASADO, LAS TECNICAS TRADICIONALES SOLO PERMITIAN CARACTERIZAR UN 1% DE LA MICROBIOTA (LAS ESPECIES SUSCEPTIBLES DE CULTIVO), PERO EN LA ACTUALIDAD, LA METAGENOMICA HA SURGIDO COMO LA TECNICA DE REFERENCIA DE ANALISIS DIRECTO DE LOS GENOMAS CONTENIDOS EN UNA MUESTRA AMBIENTAL, ELLO HA SUPUESTO UNA REVOLUCION PARA EL ESTUDIO DE LAS COMUNIDADES MICROBIANAS Y SU POTENCIAL ASOCIACION CON ENFERMEDADES Y SINDROMES TANTO EN HUMANOS COMO EN ESPECIES GANADERAS, EN PARTICULAR, EL ESTUDIO DE LA MICROBIOTA DE LOS TRACTOS REPRODUCTIVOS DE LA ESPECIE OVINA Y SU ASOCIACION CON FERTILIDAD CONSTITUYE UN CAMPO TODAVIA POR EXPLORAR Y POR TANTO SUPONE UN RETO DE GRAN INTERES TANTO A NIVEL CIENTIFICO COMO DE APLICACION PARA MEJORAR EL SECTOR, EL PRINCIPAL OBJETIVO DE ESTE SUBPROYECTO ES CARACTERIZAR LA MICROBIOTA PRESENTE EN LOS TRACTOS REPRODUCTIVOS DE MACHOS Y HEMBRAS DE DIFERENTES RAZAS DE OVINO Y ESTUDIAR SU POTENCIAL ASOCIACION CON LA TASA DE FERTILIDAD MEDIANTE TECNICAS METAGENOMICAS, ADEMAS, GRACIAS A LA DISPONIBILIDAD DE MUESTRAS DE ESPERMA CONGELADO DE MACHOS DE INSEMINACION ARTIFICIAL DE LA RAZA ASSAF A LO LARGO DE VARIAS GENERACIONES, SE PODRAN LLEVAR A CABO ESTUDIOS DE DEPRESION CONSANGUINEA, DADO QUE LOS CENTROS DE REPRODUCCION ARTIFICIAL UTILIZAN UN NUMERO REDUCIDO DE MACHOS ELITE, EL RIESGO DE AUMENTO EN CONSANGUINIDAD A TRAVES DE LA VIA MACHO PODRIA SER MAYOR, CON EL MATERIAL DISPONIBLE SE PODRA EVALUAR LA EXISTENCIA DE DEPRESION CONSANGUINEA PARA FERTILIDAD DESDE UNA DOBLE Y NOVEDOSA PERSPECTIVA: (I) ASOCIADA A LA DIVERSIDAD Y ABUNDANCIA DE LA MICROBIOTA PRESENTE EN EL ESPERMA Y (II) ASOCIADA A CARACTERES DE CALIDAD ESPERMATICA, EN PARTICULAR, LA DISPONIBILIDAD DE DATOS GENEALOGICOS DESDE LOS AÑOS 1990 Y DATOS DE GENOTIPADO MASIVO DE LOS MACHOS UTILIZADOS EN LAS SEIS ULTIMAS GENERACIONES, PERMITIRA LLEVAR A CABO ANALISIS PARA ESTUDIAR LA EXISTENCIA DE REGIONES GENOMICAS EN EL HUESPED QUE ESTEN IMPLICADAS EN DEPRESION CONSANGUINEA PARA ESTOS CARACTERES, TAMBIEN SE EXPLORARA EL EFECTO DE LA CONSANGUINIDAD DE LAS HEMBRAS SOBRE LA DISMINUCION DE LA VARIABILIDAD Y/O ABUNDANCIA DE LA MICROBIOTA DE SUS TRACTOS REPRODUCTIVOS Y, EN ULTIMA INSTANCIA, SOBRE LA FERTILIDAD, OTRO DE LOS OBJETIVOS QUE SE PRETENDE ABORDAR ES DE NATURALEZA METODOLOGICA, EL DESARROLLO DE LAS NUEVAS TECNOLOGIAS DE SECUENCIACION MASIVA REQUIERE DEL PARALELO DESARROLLO DE LOS METODOS DE PROCESAMIENTO Y ANALISIS DE LOS DATOS GENERADOS, EN ESTE SENTIDO, SE ABORDARA EL ESTUDIO DE LA EFICIENCIA DE DOS TECNOLOGIAS CON BASE METODOLOGICA COMPLETAMENTE DIFERENTE (MISEQ ILLUMINA Y MINION OXFORD NANOPORE) UTILIZANDO PARA ELLO MUESTRAS DE LAS DIFERENTES RAZAS ANALIZADAS, LA INFORMACION GENERADA EN ESTE SUBPROYECTO SERA UTILIZADA PARA DESARROLLAR UN METODO SENCILLO DE DIAGNOSTICO MOLECULAR POR REACCION EN CADENA DE LA POLIMERASA (PCR) QUE SEA TRANSFERIBLE AL SECTOR, PARA ELLO SE COMPARAN METODOS CON DIFERENTE SENSIBILIDAD DE ACUERDO A DIFERENTES CRITERIOS DE ABUNDANCIA DE MICROORGANISMOS, TODO ELLO CON EL OBJETIVO ULTIMO DE MEJORAR LA EFICIENCIA Y SOSTENIBILIDAD DE LOS PROGRAMAS DE MEJORA GENETICA DE OVINO, CONSANGUINIDAD\DEPRESIÓN CONSANGUÍNEA\FERTILIDAD\METAGENÓMICA\OVINO\PCR DIAGNÓSTICO\MÉTODOS DE SECUENCIACIÓN MASIVA\SNP CHIP

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