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PGC2018-102245-B-I00

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EL IMPACTO DE LOS REORDENAMIENTOS SOMATICOS MEDIADOS POR L1 EN EL ORIGEN Y DESAR...

EL IMPACTO DE LOS REORDENAMIENTOS SOMATICOS MEDIADOS POR L1 EN EL ORIGEN Y DESARROLLO DEL CANCER HUMANO LOS RETROTRANSPONES LINE-1 (L1) SON ELEMENTOS REPETITIVOS QUE REPRESENTAN APROXIMADAMENTE UN 17% DEL TAMAÑO TOTAL DEL GENOMA HUMANO, EMPLEANDO UNA COMBINACION DE ENZIMAS CELULARES Y PROPIAS CON ACTIVIDAD ENDONUCLEASA Y TRANSCRIPTA... ver más

01/01/2018

USC

351K€

Presupuesto del proyecto: 351K€

Líder del proyecto

UNIVERSIDAD DE SANTIAGO DE COMPOSTELA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 238

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2018-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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USC

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Líder del proyecto

UNIVERSIDAD DE SANTIAGO DE COMPOSTELA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 238

Presupuesto del proyecto 351K€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto LOS RETROTRANSPONES LINE-1 (L1) SON ELEMENTOS REPETITIVOS QUE REPRESENTAN APROXIMADAMENTE UN 17% DEL TAMAÑO TOTAL DEL GENOMA HUMANO, EMPLEANDO UNA COMBINACION DE ENZIMAS CELULARES Y PROPIAS CON ACTIVIDAD ENDONUCLEASA Y TRANSCRIPTASA, LOS ELEMENTOS L1 SE COPIAN E INSERTAN DE FORMA AUTONOMA EN NUEVAS LOCALIZACIONES DEL GENOMA, UN PROCESO DENOMINADO RETROTRANSPOSICION, EN UNA PUBLICACION RECIENTEMENTE ACEPTADA EN LA REVISTA NATURE GENETICS, EN EL MARCO DEL PROYECTO PAN-CANCER DEL ICGC, NUESTRO GRUPO DE INVESTIGACION MUESTRA QUE UNA INTEGRACION ABERRANTE DE ELEMENTOS L1 EN EL GENOMA PUEDE CAUSAR GRANDES PERDIDAS DE MATERIAL GENETICO, DEL ORDEN DE MEGABASES, QUE DE FORMA OCASIONAL PUEDEN TAMBIEN ELIMINAR GENES SUPRESORES, LAS RETROTRANSPOSICIONES SOMATICAS TAMBIEN PUEDEN INICIAL PUENTES-ROTURA-FUSION, QUE PROVOCAN AMPLIFICACION DE ONCOGENES, POR LO TANTO, ESTE PROCESO MUTACIONAL MEDIADO POR RETROTRANSPOSONES L1 PODRIA TENER IMPORTANTES IMPLICACIONES EN EL DESARROLLO DE DETERMINADOS TUMORES HUMANOS,DURANTE EL ANALISIS DE LOS DATOS GENOMICOS DEL PAN-CANCER, TAMBIEN ENCONTRAMOS EVIDENCIAS DE QUE ESTOS REORDENAMIENTOS INDUCIDOS POR RETROTRANSPOSICION SOMATICA EN TUMORES HUMANOS SON EN REALIDAD MAS FRECUENTES DE LO QUE PUDIMOS VER EN AQUEL TRABAJO, DEBIDO A UN PROBLEMA TECNICO DE LAS LIBRERIAS DE SECUENCIACION DE ILLUMINA, DE ACUERDO CON ESTA LIMITACION TECNICA, EN ALGUNOS TUMORES CON ALTAS TASAS DE RETROTRANSPOSICION, EL ANALISIS DE LOS DATOS DE SECUENCIACION REVELO LA EXISTENCIA DE PATRONES EXTRAÑOS CORRESPONDIENTES A PUNTOS DE RUPTURA DE REORDENAMIENTOS QUE PERMANECIAN ESCONDIDOS Y QUE ERAN MEDIADOS POR L1 (ES DECIR, UN ELEMENTO L1 ESTABAN ALLI, PERO LOS DATOS DE ILLUMINA NO PODIAN SOBREPASARLO PARA ANCLAR AMBOS EXTREMOS DE UN MISMO REORDENAMIENTO), ES IMPORTANTE REMARCAR QUE ALGUNOS DE ESTOS REORDENAMIENTOS MEDIADOS POR L1 (L1-RGS) NO PUEDEN SER DETECTADOS CON LOS METODOS ACTUALES DE ANALISIS GENOMICO, REPRESENTANDO EVENTOS OCULTOS DE RELEVANCIA INCIERTA PARA EL DESARROLLO DEL CANCER QUE DEBERIAMOS TRATAR DE ILUMINAR, YA QUE ALGUNOS DE ELLOS JUEGAN UN PAPEL FUNCIONAL IMPORTANTE, AFORTUNADAMENTE, LAS TECNOLOGIAS DE LECTURAS LARGAS DE SECUENCIACION (ES DECIR, MINION Y PACBIO) Y LOS MAPAS GENOMICOS DE ALTA DENSIDAD CON BIONANO, DEBERIAN SER CAPACES DE DARNOS UN CUADRO MAS COMPLETO DE COMO OCURREN ESTOS REORDENAMIENTOS,ESTA PROPUESTA DE INVESTIGACION INTENTA AVERIGUAR HASTA QUE PUNTO LOS L1-RGS IMPACTAN LA ESTRUCTURA Y LA FUNCION DE LOS GENOMAS DEL CANCER, A TRAVES DEL ANALISIS DE LOS PATRONES SOMATICOS DE L1-RGS, Y SUS EFECTOS FUNCIONALES, DESDE UN PUNTO DE VISTA COMPLETAMENTE NOVEDOSO (USANDO UNA COMBINACION DE LECTURAS LARGAS Y CORTAS, TRANSCRIPTOMAS Y MAPEO OPTICO), ESTE ESTUDIO TIENE POTENCIAL PARA DESVELAR NUEVOS PATRONES Y PROCESOS MUTACIONALES EN CANCER EN DONDE LOS RETROTRANSPOSONES ESTAN INVOLUCRADOS, Y PROPORCIONAR NUEVAS ASPECTOS SOBRE EL PAPEL QUE LOS RETROTRANSPOSONES JUEGAN EN LA ONCOGENESIS, RETROTRANSPOSICION SOMATICA\GENOMICA DE CANCER\VARIANTES ESTRUCTURALES

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