Descripción del proyecto
LOS ESFUERZOS REALIZADOS EN LA INVESTIGACION DEL PLEGAMIENTO DE PROTEINAS HAN CRISTALIZADO RECIENTEMENTE EN TRES IMPORTANTES AVANCES: I) LA UTILIZACION DE INSTRUMENTOS DE GENERACION DE SALTOS DE TEMPERATURA CON RESOLUCION EN NANOSEGUNDOS HA RESULTADO EN LA IDENTIFICACION Y CARACTERIZACION DE VARIAS PROTEINAS QUE SE PLIEGAN EN MICROSEGUNDOS (PLEGAMIENTO ULTRARAPIDO); II) EL DESARROLLO DE METODOS PARA EL ANALISIS DE BARRERAS DE ENERGIA LIBRE EN EL PLEGAMIENTO PERMITE POR PRIMERA VEZ INDEPENDENDIZAR FACTORES DINAMICOS Y ENERGETICOS A PARTIR DE LAS VELOCIDADES DE PLEGAMIENTO; III) LA FORMULACION DE MODELOS TEORICOS SENCILLOS PERMITEN EL ANALISIS DIRECTO E INTERPRETACION DE DATOS EXPERIMENTALES ASI COMO LA PREDICCION DE VELOCIDADES DE PLEGAMIENTO DE PROTEINAS CON UN ALTO NIVEL DE PRECISION A PARTIR UNICAMENTE DE LA ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL DE ESTAS, EN ESTE PROYECTO PROPONEMOS COMBINAR ESTOS TRES IMPORTANTES AVANCES PARA INVESTIGAR LOS ASPECTOS ENERGETICOS Y DINAMICOS DEL PLEGAMIENTO DE PROTEINAS Y COMO DEPENDEN DE LAS PROPIEDADES PROTEINICAS BASICAS: TAMAÑO, STRUCTURA TRIDIMENSIONAL Y SECUENCIA AMINOACIDICA, COMO PRIMER PASO IDENTIFICAREMOS NUEVOS CANDIDATOS DE PLEGAMIENTO ULTRARAPIDO REALIZANDO UN ANALISIS EXHAUSTIVO DE LA BASE DE DATOS DE ESTRUCTURAS DE PROTEINAS (PROTEIN DATABANK) USANDO MODELOS TEORICOS SENCILLOS DE PREDICCION DE VELOCIDADES DE PLEGAMIENTO, LAS PROPIEDADES DE PLEGAMIENTO DE LOS CANDIDATOS MAS PROMETEDORES SERAN INVESTIGADAS CINETICAMENTE USANDO TECNOLOGIAS DE SALTO DE TEMPERATURA INDUCIDO POR LASER CON RESOLUCION DE NANOSEGUNDOS Y TERMODINAMICAMENTE USANDO CALORIMETRIA DIFERENCIAL DE BARRIDO, DEL ANALISIS TEORICO DE LOS DATOS EXPERIMENTALES OBTENDREMOS INFORMACION INDEPENDIENTE DE LAS CONTRIBUCIONES DINAMICAS Y ENERGETICAS AL PLEGAMIENTO DE PROTEINAS, FINALMENTE, LOS DATOS EXPERIMENTALES OBTENIDOS SE UTILIZARAN PARA CONSTRUIR UNA BASE DE DATOS EMPIRICA SOBRE VELOCIDADES DE PLEGAMIENTO QUE SE UTILIZARA PARA EL REFINAMIENTO DE CAMPOS DE FUERZAS EMPIRICOS QUE MEJOREN LA PREDICCION DE VELOCIDADES DE PLEGAMIENTO Y PUEDAN LLEGAR A PREDECIR LA ESTABILIDAD DE PROTEINAS CON PRECISION, biofísica de proteínas\plegamiento\cinética\dinámica\espectroscopía láser\química computacional\biocomputación