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Financiado

DESARROLLO DE UN METODO INDEPENDIENTE DE LA TAXONOMIA USANDO DIATOMEAS PARA LA A...

DESARROLLO DE UN METODO INDEPENDIENTE DE LA TAXONOMIA USANDO DIATOMEAS PARA LA APLICACION DE LA DIRECTIVA MARCO DEL AGUA EN LAGOS EL PROYECTO PRETENDE IMPLEMENTAR UN SISTEMA DE BIOMONITORIZACION DE LA CALIDAD DEL AGUA EN LAGOS MEDIANTE DIATOMEAS A TRAVES DE METODOS DE IDENTIFICACION MOLECULAR. TRABAJOS ANTERIORES SOBRE DIATOMEAS NOS PERMITIERON IMPLEMENTAR U... ver más

01/01/2021

ULE

150K€

Presupuesto del proyecto: 150K€

Líder del proyecto

UNIVERSIDAD DE LEON No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 589

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2021-01-01

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Participantes

ULE

Lider

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Líder del proyecto

UNIVERSIDAD DE LEON

Total investigadores 589

Presupuesto del proyecto 150K€

Descripción del proyecto EL PROYECTO PRETENDE IMPLEMENTAR UN SISTEMA DE BIOMONITORIZACION DE LA CALIDAD DEL AGUA EN LAGOS MEDIANTE DIATOMEAS A TRAVES DE METODOS DE IDENTIFICACION MOLECULAR. TRABAJOS ANTERIORES SOBRE DIATOMEAS NOS PERMITIERON IMPLEMENTAR UN FLUJO DE TRABAJO EN EL QUE SE ACOPLARON LOS ANALISIS MORFOLOGICOS TRADICIONALES CON LOS METODOS MOLECULARES PARA CARACTERIZAR LAS COMUNIDADES DE DIATOMEAS EN 22 LAGOS DE LA CUENCA DEL DUERO. EL ESTUDIO SE BASO EN LA COMPARACION DE LOS DOS ENFOQUES PARA MOSTRAR LOS PATRONES DE LA METACOMUNIDAD DE DIATOMEAS Y EVALUAR LOS INCONVENIENTES EN LA APLICACION DE LOS METODOS MOLECULARES CUANDO SE UTILIZAN CONJUNTOS DE DATOS DE REFERENCIA. EN UN TRABAJO RECIENTE, BORREGO-RAMOS CENTRARON SUS ESFUERZOS EN COMPARAR LAS APROXIMACIONES CONVENCIONALES MEDIANTE RECUENTOS MICROSCOPICOS Y LOS METODOS MOLECULARES, CONSIDERANDO LA ASIGNACION DE BASES DE DATOS, PARA EVALUAR LA CALIDAD BIOLOGICA EN LAGOS POCO PROFUNDOS. AUNQUE LA CORRELACION ENTRE AMBOS METODOS FUE SIGNIFICATIVA EN LA DETERMINACION DE LA CALIDAD DEL AGUA, SE EVIDENCIARON VARIOS INCONVENIENTES DE LOS METODOS MOLECULARES, COMO LA FALTA DE PROTOCOLOS ESTANDARIZADOS EN LOS TRATAMIENTOS BIOINFORMATICOS, LA MUY BAJA COBERTURA DE LAS BASES DE DATOS DE REFERENCIA, Y EL DESAJUSTE ENTRE LA ABUNDANCIA DE FRUSTULOS EN LOS RECUENTOS MICROSCOPICOS Y SU EQUIVALENCIA CON LA ABUNDANCIA DE LECTURAS HTS. EL OBJETIVO PRINCIPAL DE ESTA PRUEBA DE CONCEPTO ES DESARROLLAR UN METODO MOLECULAR SIN TAXONOMIA PARA EL USO DE LAS DIATOMEAS COMO CONTROL RUTINARIO DE LA CALIDAD DEL AGUA EN LAGOS POCO PROFUNDOS. LA IDEA ES DESARROLLAR UN METODO COMO EL PROPUESTO EN LOS RIOS EUROPEOS, PERO EN LAGOS SOMEROS MEDITERRANEOS A) PARA REDUCIR LOS PROBLEMAS ASOCIADOS A LAS ABUNDANCIAS RELATIVAS, B) PARA PROPONER UN PROTOCOLO ESTANDARIZADO PARA EL MUESTREO ORIENTADO AL ADN Y LA PRESERVACION DE LAS MUESTRAS EN LA CUENCA DEL DUERO, C) PARA CREAR UN PROTOCOLO ESTANDARIZADO PARA LA EXTRACCION DEL ADN, PCR Y POSTERIOR SECUENCIACION Y PIPELINE BIOINFORMATICO PARA HACER COMPARABLES TODOS LOS ESTUDIOS, C) CORREGIR OTROS PROBLEMAS ASOCIADOS A LOS TAXONES PARAFILETICOS, O LOS ERRORES CAUSADOS POR EL ADN AMBIENTAL EN EL PROTOCOLO PROPUESTO Y, D) COMPARAR CON OTRAS PLATAFORMAS HTS PARA COMPROBAR LA REPRODUCIBILIDAD DE ESTE ENFOQUE.TAMBIEN SE LLEVARA A CABO UN ANALISIS DE EVALUACION DEL CICLO DE VIDA COMPARANDO AMBOS, LA MICROSCOPIA TRADICIONAL Y EL METODO MOLECULAR PARA EVALUAR LOS COSTES AMBIENTALES DE AMBOS ENFOQUES, EN EL QUE SE TOMARAN MUESTRAS BIOLOGICAS DE LAGOS SELECCIONADOS CON DIFERENTES NIVELES DE CALIDAD ECOLOGICA, PARA PRODUCIR LOS SIGUIENTES DATOS: MORFOESPECIES IDENTIFICADAS POR MICROSCOPIA, OTUS PROPORCIONADAS A TRAVES DE METABARCODIFICACION Y AGRUPACION JERARQUICA DE SECUENCIAS UTILIZANDO UN UMBRAL DE SIMILITUD DEL 95%, UNIDADES DE SECUENCIA INDIVIDUALES A TRAVES DE METABARCODIFICACION Y SOLO UN MINIMO FILTRADO DE CALIDAD BIOINFORMATICA Y VARIANTES DE SECUENCIA EXACTAS UTILIZANDO EL ALGORITMO DE DENOISING DADA2.EN EL PRIMER AÑO SE SELECCIONARAN PARA EL MUESTREO UNOS 50 LAGOS DE LA REGION DE CASTILLA Y LEON, CON UN AMPLIO RANGO DE CALIDAD ECOLOGICA SEGUN LA DMA. LOS LAGOS SERAN MUESTREADOS SIGUIENDO METODOS ESTANDAR. POR ULTIMO, SE UTILIZARA EL APRENDIZAJE AUTOMATICO SUPERVISADO PARA ESCUDRIÑAR LOS PERFILES COMPLETOS DE LAS COMUNIDADES EN MUESTRAS DE VALOR ECOLOGICO CONOCIDO PARA ENTRENAR UN MODELO PREDICTIVO. NDICES BIOTICOS\LAGOS\DIATOMEAS\DIRECTIVA MARCO DEL AGUA\CALIDAD DEL AGUA\METABARCODING

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