Innovating Works

BIO2012-40205

Financiado
DESARROLLO DE SISTEMAS BIOINFORMATICAS, Y DE LOS METODOS COMPUTACIONALES SUBYACE...
DESARROLLO DE SISTEMAS BIOINFORMATICAS, Y DE LOS METODOS COMPUTACIONALES SUBYACENTES, PARA EL ANALISIS DE CASOS DE TRATAMIENTO PERSONALIZADO EN ONCOLOGIA EL USO EFECTIVO DE LA INFORMACION GENOMICA PARA EL DISEÑO DE TRATAMIENTOS PERSONALIZADOS REQUIERE METODOS BIOINFORMATICOS SUFICIENTEMENTE ROBUSTOS PARA GESTIONAR, ANALIZAR Y PRESENTAR LA INFORMACION DE MODO ADECUADO AL ENTORNO CLI... EL USO EFECTIVO DE LA INFORMACION GENOMICA PARA EL DISEÑO DE TRATAMIENTOS PERSONALIZADOS REQUIERE METODOS BIOINFORMATICOS SUFICIENTEMENTE ROBUSTOS PARA GESTIONAR, ANALIZAR Y PRESENTAR LA INFORMACION DE MODO ADECUADO AL ENTORNO CLINICO. ESTE PROYECTO SE CENTRA EN EL DESARROLLO DE UN FLUJO DE TRABAJO BIOINFORMATICO QUE INTEGRE DIFERENTES ETAPAS ESENCIALES PARA LA GENERACION DE ESTOS ANALISIS PERSONALIZADOS: ANALISIS DE LA INFORMACION GENOMICA, ANALISIS DE LAS CONSECUENCIAS DE LAS VARIACIONES, ESTABLECER LA CONEXION ENTRE EL NIVEL GEN/PROTEINA CON EL NIVEL FUNCIONAL Y ANALISIS FARMACOGENOMICO Y PRESENTACION DE LOS DATOS EN UN MARCO ADECUADO. EL PROYECTO PROPUESTO ESTA INSPIRADO EN LA COLABORACION ESTABLECIDA CON NUESTROS COLEGAS EN EL PROGRAMA CLINICO DEL CNIO, DIRIGIDO POR EL DR. MANUEL HIDALGO CON QUIEN VENIMOS INTERACTUANDO DESDE SU ESTABLECIMIENTO EN MADRID HACE DOS AÑOS. EN CUALQUIER CASO LA METODOLOGIA Y DESARROLLO QUE PROPONEMOS ES COMPLEMENTE INDEPENDIENTE Y APLICABLE A OTROS ESCENARIOS (OTRAS COLABORACIONES MENCIONADAS EN LA MEMORIA EN ASPECTOS RELACIONADOS INCLUYEN LOS GRUPOS DE F. REAL CNIO, M. ESTELLER IDIBELL, T. MARQUES UPF, Y J. BENITEZ M. BARBACID CNIO). DE HECHO LOS DESARROLLOS PROPUESTOS SE ENMARCAN EN NUESTRA PARTICIPACION EN CONSORCIOS INTERNACIONALES DE GENOMICA COMO GENOCODE-ENCODE, CLL-ICGC Y BLUEPRINT-IHEC ENTRE OTROS. ESTAS COLABORACIONES SERAN DE GRAN AYUDA TANTO POR EL ACCESO A FUENTES DE DATOS QUE SUPONEN COMO POR LA POSIBILIDAD DE PARTICIPAR EN LA DEFINICION DE ESTANDARES DE ANALISIS BIOINFORMATICO.DURANTE EL TRANSCURSO DEL PROYECTO SE DESARROLLARA UNA INFRAESTRUCTURA INFORMATICA QUE PERMITIRA LA INTEGRACION DE LOS DISTINTOS TIPOS DE ANALISIS; ESTABLECEREMOS UN FLUJO AUTOMATIZADO PARA EL ANALISIS DE LA INFORMACION GENOMICA QUE INCLUIRA JUNTO A RESULTADOS DE SECUENCIACION DE EXOMAS, QUE ES LA INFORMACION BASICA MANEJADA EN ESTA AREA, DATOS PROCEDENTES DE SECUENCIACION DE GENOMAS COMPLETOS, EXPRESION GENICA, ALTERACIONES DEL NUMERO DE COPIAS Y VARIACIONES EPIGENETICAS. MAS ESPECIFICAMENTE EN EL PROYECTO PROPONEMOS MEJORAR LA CADENA DE METODOS QUE RELACIONA LA VARIACION INDIVIDUAL (MUTACIONES Y CAMBIOS EN EXPRESION/CONTROL GENICO) CON LAS CONSECUENCIAS A NIVEL FENOTIPICO, INCLUYENDO VARIOS NIVELES DESDE PREDICCION DE LAS CONSECUENCIAS DE LAS MUTACIONES INDIVIDUALES AL ANALISIS DE PATHWAYS. LOS DESARROLLOS PROPUESTOS ESTAN BASADOS EN NUESTRA EXPERIENCIA PREVIA EN CAMPOS COMO EL ESTUDIO DE LAS FUNCIONES Y EVOLUCION DE FAMILIAS DE PROTEINAS, ANALISIS DE REDES DE INTERACCION Y MINERIA DE TEXTOS. EL PROYECTO SE BASA ASI MISMO EN UN CONJUNTO DE RECURSOS, BASES DE DATOS Y METODOS PREVIAMENTE DESARROLLADOS QUE NOS PERMITIRAN TANTO DESARROLLAR COMO VALIDAR LOS NUEVOS METODOS QUE PROPONEMOS DESARROLLAR. EL PROYECTO HACE ESPECIAL ENFASIS EN LA ELABORACION DE MODELOS DE DESARROLLO DEL TUMOR BASADOS EN LA ANALOGIA CON LA EVOLUCION DE LAS ESPECIES. NUESTRA PROPUESTA ESTA CENTRADA EN EL ESTUDIO DE LAS RESTRICCIONES QUE IMPONE LA ORGANIZACION DEL GENOMA EN LA EXPRESION GENICA DIFERENCIAL Y ESTA A SU VEZ EN LA ADAPTACION DE LAS CELULAS AL ENTORNO (I.E. LINEAS CLONALES EN TUMORES). ESTA PARTE DEL PROYECTO ACENTUARA EL CARACTER CIENTIFICO DEL MISMO, UTILIZARA LA MISMA INFRAESTRUCTURA DE SOFTWARE Y DEBE PROVEERNOS CON HERRAMIENTAS Y MODELOS TANTO PARA DIFERENCIAR MUTACIONES/VARIACION INICIADORA DE TUMORES COMO PARA ANALIZAR EPISODIOS DE METASTASIS / RESISTENCIA AL TRATAMIENTO. ver más
01/01/2012
FUNDACION SECTOR P...
304K€
Perfil tecnológico estimado

Línea de financiación: concedida

El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2012-01-01
Presupuesto El presupuesto total del proyecto asciende a 304K€
Líder del proyecto
FUNDACION SECTOR PUBLICO ESTATAL CENTRO NACIO... No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.
Perfil tecnológico TRL 4-5 18M