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BFU2008-00196

Financiado

DESARROLLO DE METODOS PARA LA CARACTERIZACION DE PRINCIPIOS DE DISEÑO Y OPERACIO...

DESARROLLO DE METODOS PARA LA CARACTERIZACION DE PRINCIPIOS DE DISEÑO Y OPERACION EN BIOLOGIA DE SISTEMAS LAS CARACTERISTICAS PROPIAS DE LOS PROCESOS METABOLICOS, A CUALQUIER NIVEL, SON RESULTADO DEL PROCESO EVOLUTIVO, LA INVESTIGACION DE LOS PRINCIPIOS DE DISEÑO SUBYACENTES, ENTENDIDOS COMO LAS CARACTERISTICAS RECURRENTES QUE ASOCIAM... ver más

01/01/2008

UDL

46K€

Presupuesto del proyecto: 46K€

Líder del proyecto

UNIVERSITAT DE LLEIDA CCT No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Sin perfil tecnológico

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2008-01-01

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Participantes

UDL

Lider

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Líder del proyecto

UNIVERSITAT DE LLEIDA CCT

Sin perfil tecnológico

Presupuesto del proyecto 46K€

Descripción del proyecto LAS CARACTERISTICAS PROPIAS DE LOS PROCESOS METABOLICOS, A CUALQUIER NIVEL, SON RESULTADO DEL PROCESO EVOLUTIVO, LA INVESTIGACION DE LOS PRINCIPIOS DE DISEÑO SUBYACENTES, ENTENDIDOS COMO LAS CARACTERISTICAS RECURRENTES QUE ASOCIAMOS A UNA DETERMINADA FUNCION, ES UN OBJETIVO FUNDAMENTAL EN BIOLOGIA DE SISTEMAS, PARA ELLO ES PRIMORDIAL CONTAR CON HERRAMIENTAS APROPIADAS PARA IDENTIFICAR DICHOS PRINCIPIOS, EN ESTE SENTIDO, LOS MODELOS MATEMATICOS JUEGAN UN PAPEL FUNDAMENTAL, EN PARTICULAR, LOS MODELOS BASADOS EN EL FORMALISMO POWER-LAW HAN PROPORCIONADO RESULTADOS MUY INTERESANTES, POR EJEMPLO, EN EL ANALISIS DE LOS PRINCIPIOS DE DISEÑO DE CIRCUITOS GENETICOS, ESTE TIPO DE RESULTADOS PERMITEN ENTENDER LOS DISEÑOS CARACTERISTICOS DE DICHOS CIRCUITOS EN FUNCION DE LA DEMANDA DE EXPRESION, PROPORCIONANDO UNA EXPLICACION PLAUSIBLE PARA LA EVOLUCION DE LAS DISTINTAS ALTERNATIVAS, COMPLEMENTARIAMENTE, NUESTRO GRUPO HA INVESTIGADO EN EL PROYECTO PRECEDENTE (BFU2005-00234/BMC) LOS PRINCIPIOS DE OPERACION, ES DECIR LOS CAMBIOS QUE SE PRODUCEN A NIVEL GENOMICO Y FISIOLOGICO EN RESPUESTA A UN CAMBIO EN LAS CONDICIONES EXTERNAS, QUE EXPLICAN LA RESPUESTA ADAPTATIVA DE LA LEVADURA A ESTRES TERMICO (VILAPRINYO ET AL, (2006) BMC BIOINFORMATICS, 7:184), EN ESTE PROYECTO NOS PROPONEMOS EXTENDER ESTA METODOLOGIA Y DEFINIR UN MARCO CONCEPTUAL Y DE APLICACION QUE PERMITA UN ESTUDIO SISTEMATICO DE LOS PRINCIPIOS DE DISEÑO Y OPERACION, EXTENDIENDO LOS RESULTADOS DEL FORMALISMO POWER-LAW E INTRODUCIENDO UN ANALISIS MAS EXHAUSTIVO DE LAS IMPLICACIONES DE LA DINAMICA EN LA VALORACION DE DICHOS PRINCIPIOS, DESDE UN PUNTO DE VISTA FORMAL, Y BASANDONOS EN LOS ANALISIS REALIZADOS EN EL PROYECTO PRECEDENTE, SE HACE NECESARIO CONSIDERAR SERIAMENTE LA UTILIZACION DE FORMALISMOS MAS GENERALES, SIN PERDER DE VISTA LA NECESIDAD DE SIMPLIFICACION PARA ABORDAR PROBLEMAS DE ESTE TIPO, EL FORMALISMO SATURABLE Y COOPERATIVO (VILAPRINYO ET AL, (2007) BIOTECHNOL,BIONG, 97:1259-1277) PROPUESTO RECIENTEMENTE POR NUESTRO GRUPO PROPORCIONA UNA RESPUESTA A ESTE PROBLEMA, ESTE FORMALISMO EXTIENDE LAS PROPIEDADES DEL FORMALISMO POWER-LAW Y PERMITE UN ANALISIS MAS COMPLETO DE LAS PROPIEDADES DE UN SISTEMA EN EL PLANO DINAMICO, LA EXISTENCIA DE OTROS FORMALISMOS BASADOS EN APROXIMACIONES DETERMINA UN MARCO DE TRABAJO DONDE DIVERSOS GRUPOS UTILIZAN HERRAMIENTAS PARECIDAS, SIENDO NECESARIA UNA SISTEMATIZACION Y UNA CLARIFICACION DE LA UTILIDAD REAL CADA UNA DE ELLAS, LA IMPORTANCIA DE LOS MODELOS MATEMATICOS COMO HERRAMIENTA EN BIOLOGIA DE SISTEMAS Y AMBITOS AFINES (BIOLOGIA SINTETICA, BIOTECNOLOGIA, ETC,), JUSTIFICA UN PROYECTO CON LOS SIGUIENTES OBJETIVOS GENERALES:1, ESTABLECER LA VALIDEZ DE LOS DISTINTOS FORMALISMOS BASADOS EN APROXIMACIONES POR SERIES DE TAYLOR COMO HERRAMIENTAS PARA LA CARACTERIZACION DE PRINCIPIOS DE DISEÑO Y OPERACION EN REDES METABOLICAS, 2, DEFINIR UNA METODOLOGIA QUE PERMITA LA EXTENSION DE LAS PREDICCIONES BASADAS EN LOS METODOS DE ANALISIS DE ESTADO ESTACIONARIO AL DOMINIO DINAMICO, REVISAR DESDE ESTE PUNTO DE VISTA LOS RESULTADOS PREVIOS ACERCA DE PRINCIPIOS DE DISEÑO EN VIAS METABOLICAS Y CIRCUITOS DE REGULACION GENICA, Y LOS PRINCIPIOS DE OPERACION EN LA RESPUESTA A ESTRES EN LEVADURA,3, DEFINIR UNA APLICACION DE CALCULO SIMBOLICO QUE PERMITA LA AUTOMATIZACION DE LA COMPARACION DE DISEÑOS ALTERNATIVOS EN METABOLISMO, 4, DESARROLLAR UNA METODOLOGIA PARA EL AJUSTE DE MODELOS BASADOS EN EL FORMALISMO SATURABLE Y COOPERATIVO A DATOS DINAMICOS Biología de Sistemas\Evolucion\Biotecnologia\Biologia Sintetica\Modelos matemáticos

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