Descripción del proyecto
UN GRAN RETO DE LA MEDICINA GENOMICA PARA LA COMPRENSION DE LOS MECANISMOS DE ENFERMEDAD ES LA POSIBILIDAD DE DISECCIONAR LA HETEROGENEIDAD EXISTENTE EN LAS ENFERMEDADES MEDIADAS POR EL SISTEMA INMUNE, ESTO SE DIFICULTA PARTICULARMENTE POR LA PRESENCIA DE "ESTADOS DE ENFERMEDAD" QUE SON DIFERENTES EN DIFERENTES PACIENTES, PERO QUE A SU VEZ SE COMPARTEN POR DIVERSAS ENFERMEDADES, PRESENTAMOS AQUI UNA NUEVA ESTRATEGIA POR LA CUAL HEMOS IDENTIFICADO 3 ESTADOS DE ENFERMEDAD: INFLAMATORIO, LINFOIDE Y DE INTERFERON, GRACIAS A ESTA DIVISION MOLECULAR, HEMOS IDENTIFICADO UNA NUEVA ASOCIACION GENETICA IMPORTANTE (OR=3,17, CI 2,28-4,40; P = 2,17 X 10-10), MOSTRAMOS QUE LOS DIVERSOS ESTADOS DE ENFERMEDAD SE DISTINGUEN POR LAS DIFERENCIAS EN LA CONTRIBUCION GENETICA DE LOS MISMOS, MUESTRO DATOS PRELIMINARES CONFIRMAN LA PRESENCIA DE ESTE LOCUS Y PROPONGO METODOS PARA IDENTIFICAR LAS VARIANTES CAUSALES Y LOS DIVERSOS MECANISMOS DE INFLAMACION TISULAR DEPENDIENTES DEL ESTADO DE LA ENFERMEDAD Y/O LA PRESENCIA DE LAS VARIANTES DE RIESGO, LOS OBJETIVOS SON LOS SIGUIENTES: 1) ESTABLECER LA ASOCIACION GENETICA EN INDIVIDUOS CON DIFERENTES ENFERMEDADES MEDIADAS POR EL SISTEMA INMUNE, CONSIDERAREMOS VARIAS ENFERMEDADES E IDENTIFICAREMOS LA VARIANTE CAUSAL; 2) DEFINIR, CARACTERIZAR Y DETERMINAR LA ORGANIZACION ESPACIAL Y LAS INTERACCIONES INTERCELULARES DE LOS TEJIDOS INFLAMADOS DE ACUERDO CON EL ESTADO DE ENFERMEDAD, EXISTE UN GRAN HUECO DE CONOCIMIENTO EN LA ESTRUCTURA DE LOS TEJIDOS DURANTE LOS PROCESOS INFLAMATORIOS, UTILIZAREMOS SCRNASEQ Y NUEVOS ALGORITMOS PARA DECONVOLUCIONAR DATOS DE RNASEQ DE TEJIDO COMPLETO; 3) DEFINIR LOS TIPOS CELULARES Y EL PAISAJE REGULATORIO DEL LOCUS ASOCIADO, PRODUCIERMOS UN MAPA CONFORMACIONAL EN 3D DEL LOCUS EN LOS TEJIDOS INFLAMADOS CON SCRNASEQ CONFORMACIONAL PARA CAPTURAR LA ORGANIZACION DE LA CROMATINA Y LA METILACION DE ADN, E IDENTIFICAREMOS LOS ELEMENTOS REGULADORES CON LOS QUE LAS VARIANTES ESTAN LIGADAS Y QUE LOS MODIFICAN, PRODUCIREMOS UN MAPA DE MODIFICACIONES DE HISTONAS DIRIGIDO A LA INFLAMACION; 4) DEFINIR COMO LA ALTERACION DE LOS GENES DEL LOCUS ALTERAN EL DESARROLLO DE LA ENFERMEDAD EN MODELOS IN VIVO DE LA ENFERMEDAD, INFLAMACION\AUTOINMUNIDAD\MULTI-OMICAS\BIOINFORMATICA\GENETICA\GWAS