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Computational methods for biological sequence analysis with application to evolu...

Computational methods for biological sequence analysis with application to evolution of yeast mitochondrial genomes Modern molecular biology relies on high-throughput technologies to generate large quantities of data about components of living cells and on sophisticated mathematical and computational techniques for analyzing this data. We will... ver más

31/12/2012

UK BA

100K€

Presupuesto del proyecto: 100K€

Líder del proyecto

UNIVERZITA KOMENSKEHO V BRATISLAVE No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 4-5

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

Financiación concedida El organismo FP7 notifico la concesión del proyecto el día 2012-12-31 No tenemos la información de la convocatoria

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Este proyecto no cuenta con búsquedas de partenariado abiertas en este momento.

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1 Participantes

UK BA

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Líder del proyecto

UNIVERZITA KOMENSKEHO V BRATISLAVE No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

TRL 4-5

Presupuesto del proyecto 100K€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto Modern molecular biology relies on high-throughput technologies to generate large quantities of data about components of living cells and on sophisticated mathematical and computational techniques for analyzing this data. We will develop new algorithms and probabilistic models in areas of comparative genomics, gene finding, and homology search. In particular, we propose a new class of evolutionary models for modeling changes in exon structure of protein coding genes. These models have applications in gene finding and ancestral sequence reconstruction. We will also develop more efficient methods for homology search in large databases containing families of related sequences. Finally, we will apply both existing and new methods to comparative analysis of mitochondrial genomes in Candida genus. Some of these genomes have linear chromosomes terminated with telomere-like structures similar to eukaryotic nuclear chromosomes, yet of independent evolutionary origin. By studying these sequences, we aim to address fundamental questions of evolution of linear genomes and telomeric regions, and evolution of binding specificity in DNA binding proteins. This interdisciplinary project will be carried out in cooperation with researchers from both computer science and biology at Comenius University in Bratislava.

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