Descripción del proyecto
EL CORONAVIRUS DE TIPO 2 CAUSANTE DEL SINDROME RESPIRATORIO AGUDO SEVERO (SARS-COV-2), UN BETACORONAVIRUS CERCANO AL VIRUS SARS-COV QUE PRODUJO EL BROTE DE SARS DE 2002-2004, PROVOCO LA PANDEMIA DE COVID-19 CON GRAVES CONSECUENCIAS SOCIALES Y ECONOMICAS. A PESAR DE LA VACUNACION, LOS DESAFIOS PERSISTENTES DE ESTE VIRUS PARA EL SISTEMA DE SALUD PUBLICA INTERNACIONAL SIGUEN GENERANDO PREOCUPACIONES. TRAS TRES AÑOS DESDE EL COMIENZO DE LA PANDEMIA DE SARS-COV-2, LA ATENCION ACTUAL SE CENTRA EN COMO PODRA SER EL FUTURO CON EL VIRUS SARS-COV-2. DURANTE SU EXPANSION EN HUMANOS, EL VIRUS PRODUJO DIVERSAS VARIANTES MOLECULARES QUE CONLLEVARON A DIFERENTE TRANSMISIBILIDAD Y GRAVEDAD DE LA ENFERMEDAD ASOCIADA, ASI COMO EVASION INMUNOLOGICA. EN ESTE SENTIDO, MONITORIZAR Y COMPRENDER LA EVOLUCION DE ESTE VIRUS EN TIEMPO REAL OFRECE LA ESPERANZA DE PREDECIR POTENCIALMENTE FUTURAS TRAYECTORIAS EVOLUTIVAS MOLECULARES DEL VIRUS, LO QUE PODRIA ACONSEJAR EN LA PREVENCION Y EL TRATAMIENTO. PARA FACILITAR ESTAS PERSPECTIVAS, ES NECESARIO COMPRENDER Y CONSIDERAR LOS MECANISMOS QUE GENERAN LA DIVERSIDAD MOLECULAR Y LA FITNESS DEL VIRUS. EN ESTE PROYECTO INVESTIGAMOS LA EVOLUCION MOLECULAR DEL SARS-COV-2 A NIVELES DE GENOMA COMPLETO Y GENES, Y CON ESPECIAL INTERES EN PROTEINAS FUNDAMENTALES PARA LA REPLICACION DEL VIRUS QUE SE UTILIZAN PARA EL DISEÑO DE LAS TERAPIAS ACTUALES. EN CONCRETO, INVESTIGAMOS LA DETECCION Y CUANTIFICACION DE LA RECOMBINACION GENETICA, LA POSIBLE PRESENCIA DE ACELERACIONES Y DESACELERACIONES EVOLUTIVAS, Y LOS PATRONES DE SUSTITUCION Y ADAPTACION MOLECULAR, DENTRO Y ENTRE GENES Y VARIANTES DE INTERES. TAMBIEN DESARROLLAMOS Y EVALUAMOS MODELOS DE SUSTITUCION DE LA EVOLUCION DE PROTEINAS DEL SARS-COV-2, BASADOS EN LA SECUENCIA Y LA ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS, LO QUE PODRIA AUMENTAR LA PRECISION DE LAS PREDICCIONES EVOLUTIVAS EN COMPARACION CON LOS MODELOS DISPONIBLES ACTUALMENTE. FINALMENTE, CONSIDERAMOS LA ESTABILIDAD DE PLEGAMIENTO Y LA ACTIVIDAD DE LAS PROTEINAS DEL VIRUS PARA CONSTRUIR UN MAPA DE FITNESS PARA CADA PROTEINA QUE SE UTILIZA PARA DETERMINAR LA PROBABILIDAD DE FUTURAS TRAYECTORIAS EVOLUTIVAS. NUESTRA HIPOTESIS INICIAL ES QUE LA SELECCION ESTA OPERANDO HACIA EL ESTABLECIMIENTO DE NUEVAS VARIANTES Y, POR LO TANTO, PUEDE PROPORCIONAR INFORMACION PARA REALIZAR PREDICCIONES. LOS SUBLINAJES ACTUALES DE OMICRON (INCLUYENDO BA.1, BA.2 Y BA.5) MUESTRAN UN FENOTIPO DE ENTRADA ALTERADO Y ESCAPE INMUNOLOGICO SIGNIFICATIVO. A MEDIDA QUE EL SARS-COV-2 CONTINUA PROPAGANDOSE CAUSANDO ENFERMEDADES Y MUERTES, ES DE IMPORTANCIA CLINICA Y DE SALUD PUBLICA COMPRENDER Y PREDECIR SUS TRAYECTORIAS EVOLUTIVAS Y CONSECUENCIAS FENOTIPICAS MOLECULARES. EVOLUCION MOLECULAR DE SARS-COV-2\FILOGENETICA\TRAYECTORIAS EVOLUTIVAS\MAPA DE FITNESS\MODELADO DE PROTEINAS\MODELOS DE SUSTITUCION\EVOLUCION DE PROTEINAS\ADAPTACION MOLECULAR