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BFU2009-09102

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APROXIMACIONES COMPUTACIONALES A LA BUSQUEDA DE FUNCIONES EN GENOMAS EUCARIOTAS

LA IDENTIFICACION DE ELEMENTOS FUNCIONALES EN LAS SECUENCIAS GENOMICAS ES EL PASO INICIAL PARA PODER MANIPULAR EXPERIMENTALMENTE LOS ORGANISMOS UTILIZADOS COMO MODELO, HERRAMIENTA FUNDAMENTAL PARA DESCIFRAR LOS PROCESOS BIOLOGICOS... ver más

01/01/2009

109K€

Presupuesto del proyecto: 109K€

Líder del proyecto

UNIVERSIDAD DE BARCELONA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 327

Fecha límite participación Sin fecha límite de participación.

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2009-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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UNIVERSIDAD DE BARCELONA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 327

Presupuesto del proyecto 109K€

Fecha límite de participación Sin fecha límite de participación.

Descripción del proyecto LA IDENTIFICACION DE ELEMENTOS FUNCIONALES EN LAS SECUENCIAS GENOMICAS ES EL PASO INICIAL PARA PODER MANIPULAR EXPERIMENTALMENTE LOS ORGANISMOS UTILIZADOS COMO MODELO, HERRAMIENTA FUNDAMENTAL PARA DESCIFRAR LOS PROCESOS BIOLOGICOS A NIVEL MOLECULAR, LAS ESTRATEGIAS DE SECUENCIACION INICIALES PARA ABORDAR LOS PEQUEÑOS GENOMAS PROCARIOTAS PREPARARON EL CAMINO DE LA SECUENCIACION RUTINARIA DE LOS GENOMAS EUCARIOTAS, ACTUALMENTE, EL FOCO PRINCIPAL NO ES LA SECUENCIA EN SI, SINO LA LOCALIZACION PRECISA DE LOS MUCHOS ELEMENTOS FUNCIONALES Y ESTRUCTURALES QUE CONTIENEN TODA LA INFORMACION NECESARIA PARA CONSTRUIR UNA CELULA VIVA, AUN ASI, LA FIABILIDAD DE LOS CONJUNTOS DE ANOTACIONES PARA UN GENOMA DETERMINADO, DEPENDE DE ALGUNOS PARAMETROS A NIVEL DE LA SECUENCIA DE NUCLEOTIDOS COMO LA CALIDAD DE LAS TRAZAS, LA REDUNDANCIA A NIVEL DE ENSAMBLADO Y LA VARIABILIDAD INTRINSECA DEBIDA A LOS SUCESOS EVOLUTIVOS QUE DAN FORMA A LAS SECUENCIAS DE NUCLEOTIDOS, DETECTAR NUEVAS FUNCIONES Y DEFINIR SU LOCALIZACION GENOMICA PUEDE SER UNA TAREA ARDUA A PESAR DE QUE SE DISPONGA DE TODA LA INFORMACION POSIBLE, EN ESPECIAL CUANDO LA SECUENCIA GENOMICA SUBYACENTE ESTA PARCIALMENTE ENSAMBLADA, O NO LO ESTA EN ABSOLUTO, ANALISIS PRELIMINARES DE LOS DATOS PRODUCIDOS POR LAS NUEVAS TECNOLOGIAS MASIVAS A NIVEL EXPERIMENTAL, HAN DEMOSTRADO CUAN LEJOS ESTAMOS AUN DE COMPLETAR EL CATALOGO DE FUNCIONES PROTEICAS POR EJEMPLO, ADEMAS, LA FALTA DE CONJUNTOS DE DATOS VALIDADOS EXPERIMENTALMENTE PARA MUCHAS ESPECIES LO SUFICIENTEMENTE GRANDES PARA ENTRENAR LOS PARAMETROS QUE REQUIEREN LOS PROGRAMAS DE PREDICCION DE GENES PUEDE AFECTAR DRASTICAMENTE LA FIABILIDAD DE LAS ESTRUCTURAS GENICAS PREDICHAS,EN ESTE PROYECTO SE PRETENDE DESARROLLAR UN ENTORNO COMPUTACIONAL QUE FACILITE LA IDENTIFICATION DE SECUENCIAS POTENCIALMENTE FUNCIONALES EN GENOMAS EUCARIOTAS QUE NO DISPONGAN DE SUFICIENTE REDUNDANCIA A NIVEL DE ENSAMBLADO, ANTES DE PROCEDER A ANALISIS BIOINFORMATICOS MAS ESTANDARD, ESTA APROXIMACION PUEDE TAMBIEN FACILITAR EL DISEÑO DE EXPERIMENTOS DE ARRAYS DE EXPRESION Y LA CREACION DE BASES DE DATOS APROPIADAS PARA DIRIGIR BUSQUEDAS EXHAUSTIVAS A NIVEL GENOMICO Y PROTEOMICO, SE HAN ESCOGIDO LOS GENOMAS DE CUATRO ORGANISMOS EUCARIOTAS, EL HUMANO, LA MOSCA DE LA FRUTA, EL GUSANO Y LA LEVADURA, PARA DESARROLLAR Y VALIDAR EL ENTORNO COMPUTACIONAL PROPUESTO, SE HA SELECCIONADO TAMBIEN LOS GENOMAS DE LA PLANARIA Y DE LA LAMPREA PARA APLICAR DICHO DESARROLLO, DEBIDO A SU IMPORTANCIA EN OTROS ESTUDIOS A NIVEL DE GENETICA DEL DESARROLLO Y EVOLUTIVOS, BIOINFORMATICA\GENOMICA Y PROTEOMICA\CRIBADO FUNCIONAL\ANALISIS DE SECUENCIAS\ESTRUCTURA GENICA\SEÑALES DE SPLICING

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