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PID2019-105500GB-I00

Financiado

ANALISIS DE REDES COMPARATIVO E INTEGRATIVO MULTIOMICO MULTIESCALA

HOY EN DIA TENEMOS UNA CANTIDAD INMENSA DE DATOS MOLECULARES Y CLONICOS DESCRIBIENDO EL FUNCIONAMIENTO CELULAR, ESTE BIG DATA CONTIENE INFORMACION BIOMEDICA ESCONDIDA A CAUSA DE SU TAMAÑO Y COMPLEJIDAD, ALGUNOS DE LOS PRINCIPALE... ver más

01/01/2019

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Presupuesto del proyecto: 58K€

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TRL 4-5 | 118M€

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Presupuesto del proyecto 58K€

Descripción del proyecto HOY EN DIA TENEMOS UNA CANTIDAD INMENSA DE DATOS MOLECULARES Y CLONICOS DESCRIBIENDO EL FUNCIONAMIENTO CELULAR, ESTE BIG DATA CONTIENE INFORMACION BIOMEDICA ESCONDIDA A CAUSA DE SU TAMAÑO Y COMPLEJIDAD, ALGUNOS DE LOS PRINCIPALES RETOS COMPUTACIONALES QUE ESTOS DATOS CONTIENEN SON 1) COMO ANALIZAR LAS REDES OMICAS COMPLEJAS INDIVIDUALMENTE Y 2) COLECTIVAMENTE, Y 3) EXTRAER NUEVA INFORMACION BIOMEDICA, ESTO NO ES TRIVIAL Y REQUIERE EL DESARROLLO DE NUEVOS ALGORITMOS HEURISTICOS DEBIDO A LA INTRATABILIDAD COMPUTACIONAL DE LOS PROBLEMAS SUBYACENTES, ESTA PROPUESTA ABORDA VARIOS DE LOS DESAFIOS ALGORITMICOS QUE PLANTEAN LOS DATOS Y APLICA LOS NUEVOS ALGORITMOS A LOS DATOS OMICOS MAS VERSATILES Y ACTUALIZADOS,EN CELULAS, LAS MOLECULAS INTERACTUAN EN PARES O FORMANDO MAQUINARIAS MOLECULARES, LOS DATOS OMICOS SE REPRESENTAN DE FORMA NATURAL TANTO EN GRAFICOS SIMPLES COMO EN MODELOS QUE CAPTURAN LA ORGANIZACION MOLECULAR MULTIESCALA, INCLUIDOS HIPERGRAFICOS Y LOS COMPLEJOS SIMPLICIALES ABSTRACTOS, LA PROF PRZULJ INTRODUJO LOS GRAFLETOS COMO UNA HERRAMIENTA ALGORITMICA SENSIBLE QUE MIDE LA ESTRUCTURA (TOPOLOGIA) DE REDES Y NODOS, DESDE ENTONCES, SE HAN CONVERTIDO EN UNA HERRAMIENTA IMPORTANTE Y MUY CITADA PARA EL DESARROLLO ALGORITMICO QUE PROPORCIONA INFORMACION ESPECIFICA DEL DOMINIO EN MUCHAS AREAS, E,G, BIOLOGIA, LA PROF PRZULJ GENERALIZO GRAFLETOS A HIPERGRAFLETOS Y SIMPLETOS PARA PERMITIR EL ANALISIS DE MODELOS MULTI- ESCALA DE INTERACCIONES MOLECULARES MODELADAS POR HIPERGRAFICOS Y COMPLEJOS SIMPLICIALES ABSTRACTOS, PERO, NINGUNO DE ESTOS PERMITE PESOS EN LOS BORDES, MIENTRAS QUE LAS REDES MOLECULARES TIENEN UN PESO NATURAL, POR TANTO, PROPONEMOS EXTENSIONES DE ALGORITMOS QUE USAN GRAFLETOS, HIPERGRAFLETOS Y SIMPLETOS PARA CALCULAR CON PESOS EN LOS BORDES E INCLUIR ESTA IMPORTANTE INFORMACION BIOLOGICA EN LOS ALGORITMOS DE MINERIA, ADEMAS, PROPONEMOS GENERALIZAR LOS GRAFLETOS LAPLACIANOS PARA TRATAR LOS AUTOMORFISMOS ORBITANTES DE LOS GRAFLETOS, ASI COMO LOS COEFICIENTES DE AGRUPACION BASADOS EN GRAFLETOS QUE UNEN GRAFLETOS CON LAS PROPIEDADES DE AGRUPACION DE LAS REDES,LA GEOMETRIA DE LAS REDES BIOLOGICAS SE HA UTILIZADO PARA MAPEAR LA ORGANIZACION DE REDES DE INTERACCION GENETICA A NIVEL DE SISTEMAS, EL ALGORITMO ACTUAL DE ANALISIS ESPACIAL DE ENRIQUECIMIENTO FUNCIONAL (SAFE) UTILIZA EL ALGORITMO DE INTEGRACION DE RESORTE PARA INTEGRAR UNA RED 2D EN EL QUE SE BUSCAN ENRIQUECIMIENTOS FUNCIONALES, MIENTRAS QUE RECIENTEMENTE SE HA VISTO QUE LA INCLUSION ESPECTRAL BASADA EN GRAFLETOS, QUE AGRUPA LOS NODOS QUE PARTICIPAN EN EL MISMO GRAFLETO, ASI COMO EN LA INCORPORACION COALESCENTE, QUE INCORPORA REDES EN EL ESPACIO HIPERBOLICO EN FUNCION DE SUS ESTRUCTURAS COMUNITARIAS, SE HA DEMOSTRADO QUE CAPTURA MEJOR LA ORGANIZACION FUNCIONAL DE LAS REDES BIOLOGICAS QUE LA INTEGRACION DE RESORTE, ENTONCES, ABORDAREMOS ESTOS PROBLEMAS Y DESARROLLAREMOS UN NUEVO METODO QUE UNIFIQUE CONCEPTOS BASADOS EN INTEGRACION DE GRAFLETOS Y COALESCENTES CON LOS DE SAFE PARA MEJORAR LAS ESTRATEGIAS DE MINERIA PARA DESCUBRIR FUNCIONES DE GENES Y DESVELAR LA ORGANIZACION FUNCIONAL DE REDES OMICAS, FINALMENTE, LOS METODOS SE UTILIZARAN PARA DESCIFRAR LOS NUEVOS DATOS DE LA ESTRUCTURA DE LA CROMATINA EN LEUCEMIA, ASI COMO PARA INTEGRAR REDES OMICAS VERSATILES SOBRE LOS TEJIDOS HUMANOS, BUSCANDO GENES QUE FUNCIONEN DE MANERA DIFERENTE EN SANOS Y ENFERMOS, Y EVALUANDO SU POTENCIAL TERAPEUTICO Y BIOMARCADOR, LOS NUEVOS ALGORITMOS SE PROPORCIONARAN EN CODIGO ABIERTO, REDES MOLECULARES\INTEGRACION DE DATOS\MEDICINA DE PRECISION

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