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ALTAS DE EXPRESION DEL OLIVO (OXA) PARA INTERROGACION PROSPECTIVA DEL OLIVO EN ESTRES SALINO EL EQUIPO DEL IHSM ESTA ESPECIALIZADO EN LA BIOINFORMATICA VEGETAL (EN EL OLIVO, PERO TAMBIEN EN OTRAS ESPECIES NO MODELO) Y EN LA AUTOMATIZACION DE FLUJOS DE TRABAJO RELACIONADOS CON LA GENOMICA Y LA TRANSCRIPTOMICA, QUE INCLUYEN... ver más

01/01/2021

UMA

210K€

Presupuesto del proyecto: 210K€

Líder del proyecto

UNIVERSIDAD DE MÁLAGA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 1958

Financiación concedida El organismo AGENCIA ESTATAL DE INVESTIGACIÓN notifico la concesión del proyecto el día 2021-01-01 No tenemos la información de la convocatoria

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Líder del proyecto

UNIVERSIDAD DE MÁLAGA No se ha especificado una descripción o un objeto social para esta compañía.

Total investigadores 1958

Presupuesto del proyecto 210K€

Descripción del proyecto EL EQUIPO DEL IHSM ESTA ESPECIALIZADO EN LA BIOINFORMATICA VEGETAL (EN EL OLIVO, PERO TAMBIEN EN OTRAS ESPECIES NO MODELO) Y EN LA AUTOMATIZACION DE FLUJOS DE TRABAJO RELACIONADOS CON LA GENOMICA Y LA TRANSCRIPTOMICA, QUE INCLUYEN LA CREACION DE BASES DE DATOS TRANSCRIPTOMICAS, LAS TECNICAS DE INTELIGENCIA ARTIFICIAL, MINERIA DE DATOS, ECOFISIOLOGIA, SALINIDAD, GENETICA MOLECULAR Y METAGENOMICA. TIENEN ACCESO DIRECTO AL SUPERCOMPUTADOR PICASSO, UNA ICTS ESPAÑOLA, DONDE SE REALIZARAN LOS CALCULOS PESADOS. NUESTRA CONTRIBUCION A DIGIOLIVE EMPIEZA CON EL CULTIVO DE LAS 180 PLANTAS DE RESPALDO EN LAS QUE SE MUESTREARA Y MEDIRA LO MISMO QUE EN LA EEZ, SALVO LA SECUENCIACION. EL DNA Y RNA SECUENCIADO EN LA UNIDAD DE ULTRASECUENCIACION DE LA UMA. MEDIREMOS LOS PARAMETROS FISIOLOGICOS PROPUESTOS EN NUESTRO LABORATORIO, SERVICIOS CENTRALES Y EN SERVICIOS EXTERNOS DE LA EEZ, Y EN OTROS PROVEEDORES EXTERNOS. TAMBIEN SE COMPILARAN LOS DATOS DE EXPRESION DE OLIVO EXISTENTES COMPATIBLES CON LAS VARIEDADES PICUAL Y ARBEQUINA PARA OBTENER LA VISION MAS COMPLETA POSIBLE DEL GENOMA DEL OLIVO. TAMBIEN SE INCLUIRAN LOS DATOS DE SECUENCIACION DE OTROS PROYECTOS DE OLIVO COMPARTIDOS POR LOS DOS EQUIPOS. AUTOMATIZAREMOS LOS ANALISIS BIOINFORMATICOS COMO FLUJOS DE TRABAJO AUTONOMOS PARA GARANTIZAR LA REPETITIVIDAD Y REPRODUCIBILIDAD DE LOS RESULTADOS, YA QUE AL TENER MUESTRAS DE MUCHOS ORIGENES, TENEMOS QUE CONSEGUIR QUE TODO SEA COMPARABLE. SE CREARAN FLUJOS AD HOC O SE ACTUALIZARAN DE LOS QUE YA HEMOS DESARROLLADO ANTES PARA (1) PREPROCESAR LAS LECTURAS, (2) ANALIZAR LA EXPRESION DIFERENCIAL, (3) SEGUIR LA EXPRESION TEMPORAL, (4) COEXPRESION, (5) ENSAMBLAJE Y CLASIFICACION DE METAGENOMAS, (6) IDENTIFICACION DE TRANSCRITOS NUEVOS, (7) PREDICCION DE ISOFORMAS DE AYUSTE, (8) IDENTIFICACION DE POLIMORFISMOS, Y (9) INTERPRETACION DE LOS CAMBIOS FUNCIONALES. SE PREPARARAN ENTONCES NUEVOS FLUJOS DE TRABAJO PARA EXPLOTAR LAS CORRELACIONES/CONEXIONES/AGRUPAMIENTOS BI- O MULTIFACTORIAL DE LOS DATOS DE EXPRESION, POLIMORFISMOS, METAGENOMAS ES ISOFORMAS CON LOS DATOS FENOLOGICOS, FISIOLOGICOS Y BIOQUIMICOS. LOS ANALISIS SE REALIZARAN TENIENDO EN CUENTA QUE COEXISTEN LOS SIGUIENTES FACTORES: (1) DISTINTA TOLERANCIA A LA SAL DE LAS VARIEDADES DE OLIVO, (2) RAIZ Y HOJAS, (3) GRADO DE SALINIDAD (0, 40 MM Y 100 MM DE NACL) Y (4) DURACION DEL ESTRES SALINO (0, 1, 3 Y 12 MESES). LOS DATOS CURADOS SE USARAN PARA CONSTRUIR EL ATLAS DE EXPRESION DEL OLIVO (OXA) COMO UN SERVIDOR EN MAQUINA VIRTUAL CON NUMEROSOS METODOS DE VISUALIZACION Y LA POSIBILIDAD DE DESCARGAR LOS DATOS SELECCIONADOS. TAMBIEN INCORPORARA NUEVOS MODELOS GENICOS AL INCORPORAR NUEVAS CONDICIONES EXPERIMENTALES. COMO NOVEDAD, SE INCLUIRA UN MODULO FUNCIONAL BASADO EN EL METABOLISMO DE ARABIDOPSIS PARA LOS ESTUDIOS PROSPECTIVOS DE LOS CIRCUITOS GENICOS (MODULOS FUNCIONALES) CUANDO SE ESTUDIEN OTROS PROCESOS BIOLOGICOS, UNA ESPECIE DE INVESTIGACION IN SILICO. OXA SERA DOTADO TAMBIEN CON UNA INTERFAZ DE INTERROGACION QUE PERMITA PREGUNTAS SIMPLES Y COMPLEJAS. ALINIDAD\HALOTOLERANCIA\METAGENOMICA\BIOINFORMATICA INTEGRATIVA\ATLAS DE EXPRESION\OLIVO

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